1、如果銷售方承擔運費，並由購買方代墊運費，在購買行為發生後由銷售方歸還給購買方，所以這個代墊的運費與購買成本沒有實際聯系，不屬於購買價款及價外費用，這種情況就不應抵扣進項稅額；
2、如果購買方承擔運費，並由銷售方代墊運費，在購買行為發生後由購買方將運費及購貨款壹並支付的，這個運費實際上是屬於購買成本的壹部分，如果取得相應稅務機關認可的運費發票，這種情況應予抵扣進項稅。
法律依據
《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第八條 納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產支付或者負擔的增值稅額，為進項稅額。
下列進項稅額準予從銷項稅額中抵扣：
（壹）從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅額。
（二）從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額。
（三）購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算的進項稅額，國務院另有規定的除外。進項稅額計算公式：
進項稅額=買價乘扣除率
（四）自境外單位或者個人購進勞務、服務、無形資產或者境內的不動產，從稅務機關或者扣繳義務人取得的代扣代繳稅款的完稅憑證上註明的增值稅額。
準予抵扣的項目和扣除率的調整，由國務院決定。第九條 納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。第十壹條 小規模納稅人發生應稅銷售行為，實行按照銷售額和征收率計算應納稅額的簡易辦法，並不得抵扣進項稅額。應納稅額計算公式：
應納稅額=銷售額乘征收率
小規模納稅人的標準由國務院財政、稅務主管部門規定。