個人所得稅由納稅人繳納，支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
認為在總承包方支付農民工工資的情況下，分包方應負責按照以下文件的規定申報農民工的個稅。
根據個人所得稅法的法律規定，向個人支付收入的單位和個人為扣繳義務人。由於支付所得的單位和個人與取得所得的人之間存在多次支付的現象，有時很難確定扣繳義務人。為保證全國執行的統壹，現對《標準規定》作如下認定:凡經稅務機關認定有權決定支付對象和支付金額的單位和個人，均為扣繳義務人。
工人的工資不是由分包商直接支付，而是由總承包商支付。本質是什麽？本質上，代發的這部分工資是工程款的壹部分。對於總承包商代分包公司支付農民工工資，自己不直接支付的農民工工資是自己應收工程款的壹部分。所以在《保障農民工工資支付條例》的規定下，我們承包方和分包方的條目可以直接這麽做。
代發工資的概念
其實代員工發工資，簡單來說就是有第三方給員工發工資，工資資金也是公司給第三方的。企業告訴第三方如何分配這些資金，然後由第三方負責進行操作，將工資支付到員工的銀行卡上，這樣也可以減少公司的財務工作量，快速將工資發放到每壹個員工手中。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第二條個人所得稅法所稱在中國境內有住所，是指因戶籍、家庭、經濟利益等原因在中國境內有經常居所；中國境內所得和中國境外所得，分別指中國境內所得和中國境外所得。
第十壹條居民個人取得的綜合所得，按年計算繳納個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次扣繳預繳稅款；需要結算的，應當在次年3月1日至6月30日內結算。代扣代繳辦法由國務院稅務主管部門制定。
居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人在按月扣繳時，應當按照規定扣除已扣繳的稅款，不得拒絕。
非居民個人有工資薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不進行匯算清繳。