故事發生在江南省壹個美麗的海濱城市。當地的經濟壹度發展很快，但是同時，壹些不法分子也在改革的大潮中渾水摸魚。他們開辦虛假的空殼公司，利用國家出口退稅政策上的漏洞，大肆進行虛開增值稅專用發票，騙取國家出口退稅的犯罪活動。針對日益猖獗的涉稅犯罪，在國家稅務總局的指導下，江南省國家稅務局迅速成立了以副局長鄺亞北為組長、稽查局長常泳波為副組長的專案組，組織全省精銳力量進駐江南，對當地偷、騙稅犯罪活動進行重點打擊，行動代號“利劍”。
專案組的到來，使壹些犯罪分子如驚弓之鳥，尤其是壹個個虛假企業的犯罪手段被拆穿後，真正的幕後老板逐步浮出水面。壹個以外商身份積極活動在當地的號稱“馬哥”的人露出了馬腳，犯罪身份暴露後，他不但殺人滅口，還利用遠東公司的庇護，將虛假企業賬冊資料藏匿到遠東公司，利用被拉下水的東界縣國稅局副局長孫朗的關系，從稅務局票庫中調包發票進行虛開，在逃亡出境的時刻，公安人員宣讀了對他的逮捕令。
稽查局長常泳波是遠東公司總裁肖學農當下鄉知青時的遺腹子，由於母親拉扯他含辛茹苦，所以他對母親言聽計從，甚至放棄兩情相悅的愛情。後來他的同窗女友嫁入豪門，成為遠東公司總裁肖學農的兒媳。作為為省人大代表的肖學農，在國外繼承壹筆遺產後，回到了曾經熟悉的地方，但是他從當地人們口中得知，常泳波母子已背井離鄉。常泳波的母親常舒然知道肖學農回到了江南投資，為了不打破生活的平衡，她始終關註著遠東公司的發展。但是後來知道肖學農卷進了騙稅案件，而主持查證的正是他們的兒子常永波。
嚴厲的查處幾乎使遠東公司破產，失去理智的肖家公子肖峰在“馬哥”的挑唆下，想采取極端的手段報復，殺掉常泳波，情急之下，常泳波母親常舒然找到肖學農，阻止了這對“肖家兄弟”的同室操戈。
江南的涉稅案件查清了，稅務稽查幹部飽受辛酸，甚至付出生命的代價，稅務稽查幹部還沒有來得及慶功，新的戰鬥又打響了，專案組成員又投入“利劍二號”行動。