1、用人單位從員工工資中扣除個人所得稅並繳納給稅務機關；
2、應納稅額計算公式：應發工資減去四金再減去5000元起征點；
3、員工實際到手工資為應發工資減去四金和應納稅額；
4、個人所得稅采用超額累進稅率，起征點為每月5000元。
個稅的計算方法：
1、確定納稅人的收入類別；
2、計算應納稅所得額；
3、適用稅率和速算扣除數計算稅額；
4、扣除已預繳的稅額得出應補（退）稅額。
綜上所述，代扣個稅是指用人單位按照應發工資減去四金和5000元起征點後計算應納稅額，並從員工工資中扣除後繳納給稅務機關，確保員工實際到手工資為扣除四金和稅款後的金額，同時個稅計算遵循超額累進稅率原則。
法律依據：
《工資支付暫行規定》
第十五條
用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之壹的，用人單位可以代扣勞動者工資：
（壹）用人單位代扣代繳的個人所得稅；
（二）用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；
（三）法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；
（四）法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
《中華人民***和國個人所得稅法》
第十壹條
居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。