1、名稱的區別
代理記賬公司壹般取名為財務咨詢公司，會計師事務所壹般取名為聯合會計師事務所或會計師事務所有限公司。
2、主營業務的區別
代理記賬公司主要業務為工商代辦、代理記賬（俗稱兼職會計）、財務咨詢，會計師事務所主要業務為出具驗資報告、審計報告、財務咨詢報告。
3、與企業合作的區別
中小企業要經歷成立、成長、成功三個階段，在企業從無到有，從小到大的壹個發展過程中，代理記賬公司和會計師事務所所提供的服務重點不同，主要表現在：
1）成立階段
適合與代理記賬公司合作。代理公司可以代辦工商執照、組織機構代碼證、稅務登記證等事宜（其中工商註冊所需的驗資報告由會計師事務所提供）。
2）成長階段
適合與代理記賬公司合作。代理記賬公司可以提供價廉質優的代理記賬、財務咨詢等財務稅務服務。
公司財務稅務上的工作是壹個長期的、日積月累的合理籌劃過程，不能壹朝壹夕得以改正，財務稅務方面壹旦出現問題，就是不可逆轉的，公司就會陷入到無休止的麻煩中。
大部分剛成立的中小企業業務量不大，財務方面工作不多，請壹個合適的專職會計很難。優秀的會計人員壹般工資福利要求比較高，而工作量又小，公司承受不了。普通的會計人員工資福利要求低點，但財務工作的質量不能保證。
公司想要在成立初期走好財務方面的第壹步，如何找到優秀又價格合理的會計就成為了問題的關鍵。專業、負責的代理記賬公司配備專業的人員，制定合理的內部管理流程，用壹個團隊來保證公司代理記賬工作的質量和財務稅務的合理籌劃，專業素質高的代理記賬公司，還可以提供日常的財務咨詢服務。代理記賬公司的流水化作業，在保證質量的同時，將成本控制在壹個合理的範圍內，從而能夠保證為公司提供價廉高質的服務。
3）成功階段
適合與專業素質高的財務咨詢公司或會計師事務所合作。公司從中小企業發展成大中企業後，公司業務增長，壹般會配備專職會計，與此同時公司財務在驗資審計方面的要求會增加，對財務咨詢的專業要求會更高。這時配備高素質專業人才的財務咨詢公司和會計師事務所成為合作的首選對象。
4、價格的區別
代理記賬公司運作成本較低，所以收費相對便宜，會計師事務所所要求的資質比較難，所以收費要貴得多。
二、代理記賬公司前景如何
代理記賬行業在中國興起時間不長，但已經得到了市場的廣泛認可，代理記賬已經成為壹種必然趨勢。
壹方面，中國許多企業的CEO和CFO已經意識到代理記賬的好處，可以減少成本、擺脫內部資源的局限、為企業戰略性決策提供支持；另壹方面，隨著中國市場經濟迅猛發展和加入WTO，專業化的代理記賬以其優質、靈活、高效的服務方式得到了越來越多客戶的青睞。在中國大約有400多個地級市、2000多個縣級市，在這些地方有中小企業數百萬家，基本上都是采用代理記賬業務，中國代理記賬行業前景廣闊。
但是代理記賬這個行業的現狀是有壹些混亂的，規模大小都有，從個人代賬到家庭式作坊，再到企業型代賬，各種形式並存於市場之上，同時服務質量也參差不齊，代理記賬企業主對於本公司的發展規劃也是各不相同，有的是小富即安，有的則是高瞻遠矚。
代理記賬公司發展前景如何，最關鍵的是要看代理記賬公司老板的長期規劃，和對市場變化的應對策略如何，在如今流行跨界的年代，壹個企業受到的最大的威脅，其實並不是同行帶來的競爭，而是不如存在於何處的跨界打擊。所以，代理記賬公司的發展前景如何，不能壹概而論，而保證企業能夠穩定發展的辦法就是，積極擁抱變化，利用新興的科技和技術進行自我叠代，才更有可能迎來企業的良性發展和頑強的生命力。小規模的代賬公司可以選擇加盟大規模的公司，形成資源整合，資源***享，實現利益最大化。