其次，稅務稽查部門在確定納稅人沒有重大違法行為後，會將稽查報告推回辦稅服務廳。辦稅服務廳將國稅部門的檢查結果錄入稅收征管系統，同時傳遞給主管地稅局。稅務人員通知納稅人結清現有應納稅款、退(免)稅、滯納金、罰款等款項。納稅人攜帶發票領購簿、未開具的空白發票和稅控設備到辦稅服務廳。窗口工作人員將已開具和未開具的發票註銷，收回發票領購簿和稅控設備，確保票價清晰，無遺漏。
最後，稅務人員根據國稅、地稅的清稅結果，在確認納稅人已辦結全部稅務事項後，在稅收征管系統中註銷納稅人的工作，並向納稅人開具清稅憑證壹式三份，並作為提示交給納稅人，憑清稅憑證註銷工商登記。同時，稅務機關將完稅信息推送到工商、質檢、國稅、地稅部門的信息交換平臺。
取得“三證合壹、壹照壹碼”的企業註銷稅務流程已經結束。至於納稅人簽訂的委托過戶協議、防偽稅控等服務單位之間的業務往來，只要納稅人在稅務局註銷稅務登記，就不需要與服務單位協商。
對未領取發票或從事生產經營活動的納稅人，稅務機關立即進行匯算清繳，當場開具完稅證明。