二、海關完稅憑證根據《增值稅暫行條例》
第八條的規定，“從海關取得的完稅憑證上註明的增值稅額”準予從銷項稅額中抵扣。
根據《國家稅務總局關於加強進口環節增值稅專用繳款書抵扣稅款管理的通知》（國稅發〔1996〕32號）的規定，對海關代征進口環節增值稅開具的增值稅專用繳款書上標明有兩個單位名稱，既有代理進口單位名稱，又有委托進口單位名稱的，只準予其中取得專用繳款書原件的壹個單位抵扣稅款。申報抵扣稅款的委托進口單位，必須提供相應的海關代征增值稅專用繳款書原件、委托代理合同及付款憑證，否則不予抵扣進項稅款。
三、購進免稅農業產品開具或取得的抵扣憑證
納稅人收購農產品時，可以憑自行開具的收購憑證上註明的價款來抵扣；從農業生產單位購進農產品時，可以憑農業生產單位開具的普通發票上註明的價款來抵扣增值稅。
1.農產品收購憑證對於納稅人憑自行開具的收購憑證上註明的價款來抵扣增值稅的情況，《國家稅務總局關於增值稅若幹征收問題的通知》（國稅發〔1994〕122號）作出了規定：“購進免稅農業產品的買價，僅限於經主管稅務機關批準使用的收購憑證上註明的價款。”
2.農業生產單位開具的普通發票
《國家稅務總局關於增值稅若幹征收問題的通知》（國稅發〔1994〕122號）規定：“對壹般納稅人購進農業產品取得的普通發票，可以按普通發票上註明的價款計算進項稅額。”
四、購進廢舊物資開具或取得的抵扣憑證
從事廢舊物資經營的壹般納稅人可以憑自行開具的收購憑證上註明的收購金額抵扣增值稅。生產企業壹般納稅人購入廢舊物資回收單位銷售的廢舊物資，可以憑回收單位開具的普通發票上註明的金額來抵扣增值稅。相關文件依據如下：
1.廢舊物資收購憑證《財政部、國家稅務總局關於運輸費用和廢舊物資準予抵扣進項稅額問題的通知》（財稅字〔1994〕第012號）規定：“從事廢舊物資經營的增值稅壹般納稅人收購的廢舊物資不能取得增值稅專用發票的，根據經主管稅務機關批準使用的收購憑證上註明的收購金額，依10％的扣除率計算進項稅額予以扣除。”
2.廢舊物資回收經營單位開具的普通發票《財政部、國家稅務總局關於廢舊物資回收經營業務有關增值稅政策的通知》（財稅〔2001〕78號）規定：“生產企業增值稅壹般納稅人購入廢舊物資回收經營單位銷售的廢舊物資，可按照廢舊物資回收經營單位開具的由稅務機關監制的普通發票上註明金額，按10%計算抵扣進項稅額。”
五、貨物運輸發票
1.關於運輸費用發生環節的相關規定《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅〔2005〕165號）規定：“壹般納稅人在生產經營過程中所支付的運輸費用，允許計算抵扣進項稅額。”與之前《財政部、國家稅務總局關於運輸費用和廢舊物資準予抵扣進項稅額問題的通知》（財稅字〔1994〕第012號）“對增值稅壹般納稅人外購貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用”準予扣除的規定和《國家稅務總局關於加強增值稅征收管理若幹問題的通知》（國稅發〔1995〕192號）“增值稅壹般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用”準予抵扣的規定相比較，可以發現憑運輸發票抵扣增值稅的範圍是在逐步放寬的。
2.關於允許抵扣的運輸發票種類的相關規定
《國家稅務總局關於加強增值稅征收管理若幹問題的通知》（國稅發〔1995〕192號）對於允許抵扣的運輸發票種類作出了基本規定：“準予抵扣的運費結算單據（普通發票），是指國有鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統壹發票監制章的貨票準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類，不包括增值稅壹般納稅人取得的貨運定額發票。”
允許抵扣的運輸發票可以是由“自開票納稅人”開具的，也可以是由“代開票納稅人”開具的。《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收征收管理的通知》（國稅發〔2003〕121號）對“自開票納稅人”和“代開票納稅人”解釋如下：“自開票納稅人，是指符合規定條件，向主管地稅局申請領購並自行開具貨物運輸業發票的納稅人。”“代開票納稅人，是指除自開票納稅人以外的需由代開票單位代開貨物運輸業發票的單位和個人。”以上所稱代開票單位是指主管地稅局。經省級地稅局批準也可以委托中介機構代開貨物運輸業發票。
為了加強公路、內河貨物運輸行業的稅收管理，《國家稅務總局關於使用公路、內河貨物運輸業統壹發票有關問題的通知》（國稅函〔2004〕557號）作出了規定：“從2004年7月1日起，統壹使用公路、內河貨物運輸業統壹發票。”所以，在向提供公路、內河貨物運輸勞務的單位和個人支付運輸費用時，必須取得公路、內河貨物運輸業統壹發票才可以抵扣。
對於壹般納稅人取得的國際貨物運輸代理業發票和國際貨物運輸發票能否抵扣的問題，《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅〔2005〕165號）已給予明確，不得憑此兩種發票計算抵扣進項稅額。