電子發票系統不支持作廢操作，退貨時，電子發票開具錯誤等。，出票人應開具紅字發票進行抵銷，需要與相應的物流、資金流信息壹致。
由於電子增值稅普通發票具有可復制性和不可恢復性的特點，壹旦開具就不能作廢。開具後發生開票、銷售退貨或銷售折扣錯誤的，應開具紅字增值稅電子普通發票，無需退回增值稅電子普通發票。
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於修改〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發〔2006〕156號)第十四條規定，壹般納稅人取得專用發票，發生銷售額退回、開票有誤，但不符合作廢條件，或者銷售額部分退回、發生銷售折扣的，由買方向主管稅務機關填寫《開具紅字增值稅專用發票申請表》。
開票人憑買方向主管稅務機關開具的開具紅字增值稅專用發票通知書，先開具紅字增值稅專用發票，再開具正確的發票。
擴展數據:
根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十三條規定，發票應當按照規定的期限和順序逐欄、分次如實開具。
不按上述規定開具發票，屬於不按規定開具發票的行為，可依據《發票管理辦法》進行處罰。國家稅務總局在《中華人民共和國發票管理辦法》中對紅字發票的管理有如下規定:
壹、壹次銷售，全部退貨的，也要取回註明“作廢”的原發票，可按實際銷售重新開具發票，不能開具紅字發票；
二、只有在退貨銷售無法取回註明“作廢”的原始發票，取得對方有效憑證後，出票人確實已接受貨物入庫，方可開具紅字發票。
“對方有效證明”是指銷售退貨時，除填寫退貨發票外，退款時必須取得對方收據或匯款銀行的證明，不得以退貨發票代替收據。
如果對方(消費者)是個人，在發票原件無法退回作廢的情況下，消費者應書面記下情況，註明身份證號、住址、聯系電話，經銷處負責人批示後方可開具紅字發票。然後重新開具發票。