1.進項發票沒有退稅證明；
2.出口退稅系統中采購發票號輸入錯誤；
3.發票認證時間錯誤，比如月底取得的發票下個月認證，這樣在下個月15之前的自檢中就會出現信息不全的疑點；
4.發票退稅核對方式錯誤，誤操作為抵扣核對；
5.比較發票審計信息時出錯。
如果沒有問題，就要考慮稅務局為了限制開具，可能存在限制增值稅發票增量的行為。
這個問題可以通過以下方式解決:
1，先檢查發票號輸入是否正確；
2.看發票是否認證；
3.如果發票已經認證，那麽發票信息到下個月才申報，還是有疑問的。
發票信息壹般有兩條，如認證信息，認證後10天左右會有(第壹類和第二類企業對比認證信息)，審核信息，發票認證後2-3個月才能有(第三類和第四類企業對比審核信息)。
所以外貿企業壹定要知道自己是什麽樣的企業，有助於判斷什麽時候申報退稅。
法律依據
中華人民共和國發票管理辦法
第二條在中華人民共和國境內印制、購買、開具、取得、保管和上交發票的單位和個人(以下簡稱印制和使用發票的單位和個人)，必須遵守本辦法。
第三條本辦法所稱發票，是指在購銷商品、提供或者接受服務等經營活動中開具和收取的收付憑證。第四條國務院稅務主管部門主管全國發票管理工作。省、自治區、直轄市稅務機關根據職責，做好本行政區域內的發票管理工作。財政、審計、市場監督管理、公安等有關部門應當在各自的職責範圍內，配合稅務機關做好發票管理工作。
第六條任何單位和個人都可以舉報違反發票管理法律法規的行為。稅務機關應當為舉報人保密，並酌情給予獎勵。