營業稅、增值稅等流轉稅在當地繳納，但公司跨地區設立總公司的，所得稅由總公司計算，分支機構按比例在當地繳納。
在匯總繳納所得稅的基礎上，肯定要匯總全公司的報表，但同時也要單獨核算，以區分分支機構的收入、工資和資產。
總公司收不收管理費只是公司內部利潤分配的計算方法，因為所得稅要匯總計算，不會影響整個公司的所得稅。
建議總行對內部核銷或應收應付等其他往來款項收取管理費。總公司最好不要確定收入，否則又要交流轉稅。
獨立核算分支機構如何納稅？
(1)分行資質的界定
1.分公司是否界定為所得稅納稅人，應從三個方面界定:
①銀行開立結算賬戶。
(2)獨立設置會計賬簿，編制財務會計報表，計算損益。這些都是獨立核算的要求。只要滿足三個條件，所有稅種都作為獨立的企業所得稅納稅人對待，不滿足三個條件的分支機構可以統壹核算。
(3)公司符合企業所得稅納稅人三個條件的，應在當地獨立繳納企業所得稅，符合減免稅政策的，可按規定程序辦理。
2.壹般分支機構不獨立核算，所得稅由總機構繳納。
壹般總機構在辦理分支機構手續後，會持總機構和分支機構的稅務登記證到總機構主管稅務機關開具匯總納稅證明，並將證明提交給分支機構所在地主管稅務機關。
(2)獨立核算分支機構的稅務處理
1.對於分支機構和其他分支機構，只要符合獨立核算的條件，就應該單獨申報繳納企業所得稅，適用經營地的企業所得稅稅率。
2.在計稅時，分公司和總機構應分別適用其營業地的適用稅率。
3.分公司作為獨立納稅人，其經營期間的年度虧損在確定總公司年度應納稅所得額時不能扣除，其註銷前形成的累計經營虧損在總公司賬簿中反映為其他應收款或無法收回的應收賬款。
4.總機構和分支機構不在同壹征收地區的商業企業，無論何時開始營業，都應按屬地原則征稅。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第四條的規定，跨征收區調撥貨物應視為“視同銷售”。總機構和同壹征收地區的分支機構可以集體納稅，也可以單獨納稅。
(3)關於分公司的註銷
1.如果不是獨立核算，直接並入總公司，不註銷。畢竟只有現金、銀行存款和票據不是獨立核算，涉及費用，不涉及成本和利潤。
2、獨立核算，先提交國稅局審核增值稅和所得稅，註銷發票，國稅局出具報告後，提交地稅局審核營業稅、附加稅、個稅，註銷發票，地稅局出具報告，以上稅款應補繳，完成後銀行註銷，三張註銷存根送工商辦理工商註銷，上繳公章。以後公安要上交法人章和財務章，質監局要註銷代碼證。
綜上所述，只有總公司才能有分公司。壹般來說，分公司的所有活動都必須得到總公司的批準。所以分公司能不能獨立就看總公司怎麽安排了。所以好的公司要看怎麽運營，這樣公司才能更好的發展。
分支機構是指公司在其住所以外設立的從事經營活動的機構。該分公司不具有企業法人資格。
分公司的登記事項包括:名稱、經營場所、負責人、經營範圍。
分公司的名稱應當符合國家有關規定。
分公司的經營範圍不得超出公司的經營範圍。
除稅收法律、行政法規另有規定外，居民企業以企業註冊地為納稅地點；但註冊地在境外的，以實際管理機構所在地為納稅地點。
居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當合並計算繳納企業所得稅。
獨立核算的分公司可以簽合同嗎？
可以簽合同；根據我國相關法律規定，簽訂合同的主體可以是法人、公民和其他組織。其他組織是指依法設立，具有壹定組織機構和財產，但不具備法人資格的組織，包括法人為取得營業執照而設立的分支機構。這些分支機構通過業務職責的設定和劃分，與創始人之間存在授權關系。分公司是依法登記成立的經濟組織，在核準的經營範圍內從事合法經營活動。可以是簽約主體，不需要總公司授權。
法律依據
中華人民共和國公司法
第十四條分公司和子公司可以設立分支機構。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
第壹百六十四條公司應當在每壹會計年度終了時制作財務會計報告，並依法經會計師事務所審計。
財務會計報告應當依照法律、行政法規和國務院財政部門的規定編制。