根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條增值稅納稅地點的規定：
總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經國家稅務總局或其授權的稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關申報納稅。
因此，分公司按照正常程序在辦理稅務登記的同時申請辦理壹般納稅人臨時認定手續申請為壹般納稅人，領取並開具發票，抵扣進項稅，獨立統計銷進項，計算增值稅額並定期在當地主管稅務機關申報納稅。但是，註意以下兩種情況：
第壹，根據《財政部國家稅務總局關於固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅〔2012〕9號）的規定，固定業戶的總分支機構不在同壹縣（市），但在同壹省（區、市）範圍內的，經省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。在這種情況下，分公司可以申請由總機構匯總納稅，經審批同意後，直接由總機構匯總繳納，但分公司銷售及采購貨物時，仍以自己的名義開具或取得增值稅專用發票。
第二，根據《財政部國家稅務總局關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)第四十六條規定，固定業戶應當向其機構所在地或者居住地主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅;經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，壹般情況下，總公司與分公司應分別向當地稅務機關繳納增值稅，但經財政部和國家稅務總局或者其他授權的財政稅務機關批準後，可以由總公司匯繳。同時根據根據《財政部國家稅務總局關於重新印發〈總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》（財稅〔2013〕74號）的規定，經財政部和國家稅務總局批準的總機構試點納稅人及其分支機構可以匯總繳納增值稅。但是，其中的營改增應稅服務部分需要按預征率預繳，預征率由財政部和國家稅務總局決定。同時，在年度匯算清繳時，分公司預繳的超過其年度清算應交增值稅的，則暫停以後納稅申報期預繳增值稅；分公司預繳的小於其年度清算應交增值稅的，差額部分在以後納稅申報期由分公司在預繳時壹並就地補繳入庫。
二、企業所得稅
根據《中華人民***和國企業所得稅法》第五十條規定：居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算並繳納企業所得稅。同時根據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局201257號公告）第三條規定，匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
1、統壹計算：分公司不單獨計算其應納稅所得額，其收入、成本費用統壹歸集到總公司進行統壹計算。總機構統壹計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
2、分級管理：總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
3、就地預繳：總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
4、匯算清繳：總機構在年度終了後5個月內，總機構統壹計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款後，多退少補。各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳。
5、財政調庫：財政部定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。
四、房產稅、土地增值稅
房產稅、土地稅屬於地方財政征收的稅種，根據《房產稅暫行條例》第九條規定，房產稅由房產所在地的稅務機關征收。同時根據《土地使用稅暫行條例》第十條規定，土地使用稅由土地所在地的稅務機關征收。
因此，分公司應按照其自有房產價值和土地面積計算房產稅、土地使用稅，向分公司所在地主管稅務機關按時申報繳納。
五、印花稅
根據根據《印花稅暫行條例施行細則》第十四條第壹項規定，納稅人應當在合同簽訂時、書據立據時、賬簿啟用時和證照領受時貼花。因此，印花稅壹般由分公司根據簽訂合同金額，合同分類按比例計算向其當地稅務機關申報繳納。但同時也應註意，根據《國家稅務總局關於訂貨會所簽合同印花稅繳納地點問題的通知》（國稅函發〔1991〕1187號）的規定，在全國性商品物資訂貨會（包括展銷會、交易會等）上所簽合同應當繳納的印花稅，由納稅人回其所在地後及時辦理貼花完稅手續；對地方主辦、不涉及省際關系的訂貨會、展銷會上所簽合同的印花稅，其納稅地點由各省、自治區、直轄市人民政府自行確定。
六、代扣代繳個人所得稅
在我國，個人所得稅屬於地方稅種，各地在執行上可能會有所區別。根據《中華人民***和國個人所得稅法》第八條規定，個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。我們將“支付”理解為向員工實際支付，而分公司員工的薪酬雖然可能由總公司撥款，但實際支付給員工個人的主體是分公司，因此分公司才是員工工資薪金所得個人所得稅的代扣代繳義務人。對此，各地稅務機關在操作執行上可能會有所差異。比如在實踐中，廣東省東莞市的地稅局要求分公司的員工的個人所得稅在分公司所在地繳納，如果選擇在總公司所在地稅務機關繳納，需向分公司向其所在地稅務機關遞交匯總申請。