1，辦公室
負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、安全和政務公開工作；制定相關工作制度；組織重要文稿的起草和審核；承辦對社會的稅收宣傳和新聞發布；負責稅收理論和內部研究資料的收集和管理；承擔本級後勤服務、實物資產管理、基礎設施等行政事務。
2.稅收管理和監管股
負責地方稅收、基金和收費的征管；按照稅收管理權限，執行稅收征收管理辦法，辦理稅收政策執行中的有關事宜；制定依法行政和依法治稅工作計劃並組織實施；負責地方稅收執法的監督檢查；承辦稅務案件的審理和行政處罰；辦理稅務行政訴訟、行政處罰聽證和行政復議。
3.規劃和財務股
負責編制地方稅收中長期規劃，編制和分配年度稅、基金(費)計劃；組織稅收分析預測和重點稅源監控；承辦稅務會計、統計和票證管理；負責納稅和退稅；承擔全區財政、資金、服裝、資產的會計管理工作。
4.行政和科技發展股
組織實施綜合稅收征管法律、法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織協調綜合治稅工作；指導稅務登記、納稅申報、普通發票管理和稅控裝置的推廣應用；協調稅收狀況監測分析，承擔稅收征管質量評估；組織、指導和協調納稅評估和日常檢查；組織實施大型企業的稅務管理；制定並實施稅收管理信息化建設方案。
5.數據管理單元
牽頭制定稅收數據管理辦法；承擔數據質量管理、涉稅數據信息采集、加工、分析、提供、推送等工作。承擔涉稅信息應用的評估和跟蹤反饋。提供計算機硬件設備、網絡、系統軟件、工具軟件等技術基礎設施的運維管理；承擔信息安全管理和實施。
6.人事教育股
管理幹部人事、勞動工資和機構編制；負責出國人員的審批；負責離退休人員的服務和管理；負責思想政治工作和精神文明建設；負責幹部教育和教育培訓工作；負責評選表彰本系統和基層建設先進集體和先進個人。
監察機關和機關:黨組織。
此外，根據有關文件規定，設置黨的紀檢監察機構和機關。
1，監察室
負責黨的紀律檢查和黨風廉政建設；負責監督檢查地方稅務系統工作人員執行國家法律、行政法規和規章制度的情況；檢舉、揭發稅務人員違反稅收法律、政策、制度和規定的人民來信來訪。查處行政違法違紀案件；加強系統內職業道德、黨風廉政建設教育，制定和強化監督制約機制；負責完成上級交辦的其他任務。
2.政府機關黨總支
負責總支系統黨務工作；負責黨員的教育、管理和發展；負責總支範圍內的黨的紀律檢查、思想政治工作和精神文明建設。負責完成上級交辦的其他任務。