1997年3月6日，根據《關於調整新撫、露天、望花區地稅局管理體制及市地稅局機構編制的通知》（撫編發[1997]4號），正式接收新撫、露天、望花三區地稅局，並入相應分局。
1997年12月20日，經省政府批準，全省地稅系統實行垂直管理，上級主管部門為遼寧省地方稅務局。按照有關文件規定，市地稅局正式接收撫順縣、清原縣、新賓縣、順城區、撫順經濟開發區、高灣經濟特區、勝利經濟開發區七個縣區地方稅務局。垂管後，對內設機構進行了調整，內設14個職能處室，設機關黨委1個，直屬事業單位2個，下轄13個基層單位。
2000年5月，實施機構改革，對內設機構進行了新的調整，內設12個職能科室，設機關黨委1個，局屬事業單位3個，下轄12個基層單位。
2002年5月，對內設機構進行了必要調整，撫順市地方稅務局內設12個職能處室，設機關黨委1個，局屬事業單位3個，下轄11個基層單位。
2006年，為進壹步深化稅收征管改革，經省局研究決定，對撫順市地稅局機構進行了統壹的調整和規範，市局機關內設14個職能處室，設1個機關黨委，局屬事業單位3個，下轄10個基層單位。
目前，撫順市地方稅務局內設辦公室、計劃統計處、財務管理處、政策法規處、征收管理處、稽查管理處、流轉稅管理處、所得稅管理處、財產與行為稅管理處、納稅服務處、社會保險費征收管理處、人事處、監察處、教育處等 14個職能處室，設機關黨委，與教育處合署辦公，設監察處，與紀檢機構合署辦公；設置撫順市地方稅務局稽查局、勝利開發區分局、經濟開發區分局3個直屬局；下轄新撫區地方稅務局、望花區地方稅務局、東洲區地方稅務局、順城區地方稅務局4個城區分局，撫順縣地稅局、清原縣地稅局、新賓縣地稅局3個縣地方稅務局；設置發票管理所、信息中心、機關綜合服務中心3個局屬事業單位。
撫順市地方稅務局核定編制 915名，核定工勤人員編制72名，核定事業人員編制84名 。