阜新市國家稅務局（以下簡稱“市局”）為正處級全職能局。根據工作職責，市局相應設置內設機構、直屬機構和事業單位。 市局內設機構13個，級別為正科級。
1．辦公室
擬訂系統年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信息、調研、信訪、保密、密碼等工作；承辦內部網站運行和維護工作。
2．政策法規科
組織落實綜合性稅收政策；承擔機關有關規範性文件合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策文件會辦工作；承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查；組織實施稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度；承擔稅收執法質量考核工作；督察落實稅收執法檢查結論和各類審計結論；牽頭規範稅務行政審批工作；組織開展稅收政策調研與稅收政策執行情況評估反饋工作；組織開展世貿稅收調查應對工作；配合審計等部門對稅務部門的稅收執法監督與審計工作。
3．貨物和勞務稅科
組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；管理增值稅專用發票；管理增值稅防偽稅控系統。
4、進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂進出口稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退（免）稅的審核審批工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；參與編制年度出口退（免）稅計劃。
5．所得稅科
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
6．收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃，分配下達年度免抵調庫計劃。
7．納稅服務科（納稅服務中心）
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、外部網站、短信系統的運行管理工作；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；組織實施稅收信用體系建設。
8．征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；研究提出專業化征收管理和稅收征管規程完善的建議；研究實施稅收征管數據和應用辦法；承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、申報征收、普通發票管理、稅控器具推廣應用等方面的相關工作；負責業務運行維護工作。
組織落實註冊稅務師行業管理政策及管理制度；負責本地區註冊稅務師行業的公告管理、報表及相關材料的匯總上報；負責監督、檢查行業執業情況，查處違法、違規行為。
9．財務管理科
組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔系統預算管理、基本建設、資產管理、政府采購、著裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作；管理機關財務。
10．人事教育科
承擔下壹級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查系統執行幹部人事規章制度情況；擬訂年度巡視工作計劃，組織開展巡視工作；組織落實稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；辦理出國政審事項；負責局機關和系統目標管理考核工作。
11．監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查下壹級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
12．大企業和國際稅務管理科
承擔對大型企業的納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查的有關工作；承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織落實非居民企業所得稅征管制度；實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；承擔國際間稅收情報交換工作；承擔境內機構辦理服務貿易等項目對外支付提交稅務憑證的管理工作；管理機關和系統外事工作。
機關黨委辦公室負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作。組織實施系統思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；指導系統黨建、工會、***青團、婦委會工作。
離退休幹部科 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作；督促、檢查、指導系統離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調系統離退休幹部活動。 市局直屬機構包括：稽查局，車輛購置稅征收管理分局，直屬稅務分局，另設置第壹稽查局，第二稽查局。
1．稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作和稅收專項整治工作；辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；指導、協調系統稅務稽查工作；負責系統稅收檢查情況的復查復審。
稽查局內設機構6個，分別是：辦公室、綜合選案科、檢查科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
2．第壹稽查局&第二稽查局
負責對轄區內年度計劃確定的重點檢查企業和稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；配和組織稅收專項檢查工作和稅收專項整治工作。
第壹稽查局&第二稽查局內設機構9個，分別是：辦公室、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、檢查四科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
3.車輛購置稅征收管理分局?
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的征收、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
車輛購置稅征收管理分局設4個內設機構，分別是：辦公室、征收管理科、政策法規科、納稅服務科（辦稅服務廳）。
4.直屬稅務分局
承擔所轄納稅戶的納稅申報征收、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務及稅款催報催繳、壹般性違規違章行為處理等工作。
直屬稅務分局設7個內設機構，分別是：辦公室、政策法規科、稅源管理壹科、稅源管理二科、收入核算科、納稅服務科（辦稅服務廳）、征收管理科。 市局事業單位3個，級別為正科級。
1．信息中心
承擔本系統信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護等信息化日常管理工作；組織本系統信息安全管理與實施。
2．機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂並組織實施機關有關事務具體工作制度；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作；指導系統後勤服務工作；負責機關安全保衛、固定資產管理、物業管理等工作。
3．票證中心
承擔稅收票證、增值稅專用發票、普通發票的管理工作。