(1)辦公室(黨委辦公室)。
負責辦公室文電、會議、機要和檔案工作；承辦信息、保密、政務公開工作，接待和辦理建議、提案；承辦黨委和主任辦公會議決定的督辦事項；負責機關的財務管理；負責機關及直屬單位的機構編制、人事管理和離退休幹部工作；承辦機關和直屬單位的外事工作。
(2)政策法規司(研究室)。
承擔國有資產管理體制改革和國有企業改革發展等重大問題的調查研究；承擔重要文件和報告的起草工作；起草國有資產管理和監督的地方性法規草案；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；研究國有企業改革和發展中的有關法律問題；承辦機關法律事務；指導和協調所監管企業的法律事務。
(3)規劃發展處。
擬定國有經濟布局和結構戰略性調整的政策建議；指導所監管企業的布局和結構調整；審查所監管企業的發展戰略和規劃；承擔所監管企業重大投資決策工作，履行出資人職責；開展對外經濟交流與合作；配合有關部門做好監管企業的節能減排和環境保護工作。
(4)金融監管辦公室。
負責所監管企業財務預決算的相關工作；建立和完善所監管企業的績效評價指標體系；制定所監管企業重大資產損失責任追究的意見和措施；承擔所監管企業的清產核資工作，對所監管企業的資產損失核銷提出意見；組織實施所監管企業負責人離任和任期經濟責任審計；承擔國有資產統計分析工作。
(5)產權管理處。
制定完善國有產權管理的意見，制定國有資產界定、登記、轉讓、處置和產權糾紛調解的規章制度和管理辦法；承辦所監管企業國有資產的界定、登記、轉讓、處置和產權糾紛調解；承擔所監管企業資產評估項目的審批和備案工作；審查所監管企業的資本變動、股權轉讓和債券發行計劃；監督國有股的抵押、托管和授權經營；擬訂國有資產管理公司的組建方案，引導其規範運作；承擔企業國有產權交易審核工作，選擇從事企業國有產權交易的產權交易機構，監督和規範企業國有產權交易。
(6)企業改革部。
擬訂國有企業改革的政策建議；指導國有企業現代企業制度建設；承辦所監管企業之間的重組整合；指導所監管企業的管理體制改革、股份制改革和內部管理；指導所監管企業主輔分離、輔業改制和富余人員分流，配合有關部門做好下崗職工安置工作；指導所監管企業的大型集體所有制改革；審查被投資企業的章程。
(7)企業重組處(省企業兼並破產和職工再就業辦公室)。
承辦上市公司重組和引進戰略投資者工作；承辦省屬企業政策性破產；承擔甘肅省企業兼並破產和職工再就業辦公室的日常工作；引導被監管企業依法破產。
(8)評估和分配辦公室。
承擔所監管企業的經濟運行分析工作；完善對所監管企業負責人的業績考核制度，對所監管企業負責人進行年度和任期業績考核；提出國有企業收入分配制度改革的指導意見；根據國家有關規定，承擔所監管企業工資分配總體水平調節和職工福利保障工作，提出所監管企業負責人薪酬制度和激勵措施並組織實施；按照有關規定，規範所監管企業負責人的職務消費；配合有關部門做好被監管企業的安全生產工作。
(9)收入管理處。
組織所監管企業上繳國有資本收益；參與制定國有資本經營預算相關制度；承擔國有資本經營預算和決算的編制和執行。
(十)監事會工作辦公室(省國有企業監事會工作辦公室)。
負責國有企業監事會的日常管理；指導所監管企業內部監事會的建設；制定監事會工作的相關制度；負責對監事會和代表國有出資人履行職責的監事進行評價。
(十壹)企業領導人管理辦公室。
根據管理權限，負責監督企業領導班子建設；根據有關規定，承擔所監管企業領導人員的考察工作，提出任免建議；考察並推薦董事、監事和獨立董事候選人；指導所監管企業董事會建設；探索符合社會主義市場經濟體制和現代企業制度要求的企業領導人員考核、評價和選拔方式；負責所監管企業領導班子和領導人員的年度考核和任期考核；指導所監管企業人才戰略的研究和組織實施；負責所監管企業領導班子後備隊伍建設；負責所監管企業領導人員的教育、培訓和監督工作；負責所監管企業領導人員檔案和出國政審管理；配合有關部門做好所監管企業的老幹部工作。
(12)黨建辦(黨委組織部)。
根據有關規定，負責所監管企業及相關企業黨建工作的綜合協調、指導和歸口管理；負責企業黨組織的監督和黨員的發展、教育和管理。
(十三)宣傳部(黨委宣傳部)。
根據有關規定，負責所監管企業的思想建設、精神文明建設和黨的宣傳工作；指導和推動所監管企業的思想政治工作和企業文化建設；負責對外宣傳和新聞工作。
(14)群眾工作部(黨委統戰部)。
根據有關規定，協調所監管企業的工會、青年和婦女工作；指導所監管企業的統戰工作和知識分子工作。
(十五)信訪和維護企業穩定。
指導監督企業信訪、應急管理和維護穩定工作；指導、協調、督促所監管企業處理群體性信訪事項；承辦所監管企業的職工來信來訪；承辦有關國家機關交辦的來信來訪。
機關黨委負責委托機關和直屬單位的黨群工作。
省政府國有資產監督管理委員會紀律檢查委員會(省政府國有資產監督管理委員會監察專員辦公室)按照有關規定負責所監管企業的紀律檢查工作。有案件審查室和案件審理室。