領導小組下設辦公室，設在科技部火炬高技術產業發展中心，由科技部、財政部、國家稅務總局相關人員組成。辦公室負責處理高新技術企業認定的日常工作，包括提交高新技術企業認定管理報告，組織實施高新技術企業認定管理檢查，負責高新技術企業認定專家資格的備案和管理。
各省、自治區、直轄市和計劃單列市科技行政部門會同同級財政、稅務部門，也將組成當地的高新技術企業認定管理機構。這些地方機構負責本行政區域內高新技術企業的認定，接受企業提出的高新技術企業資格審查。
高科技企業的特點:
1，在特定領域擁有核心自主知識產權；
2.技術成果的持續研發和轉化；
3.形成企業的核心自主知識產權，並在此基礎上開展經營活動；
4.它是壹個知識密集型和技術密集型的經濟實體。
高新技術企業稅收優惠政策
高新技術企業稅收優惠政策主要包括以下幾個方面:
壹、優惠企業所得稅
1.減按15%的稅率征稅:根據《中華人民共和國企業所得稅法》第二十八條第二款規定，國家需要重點扶持的高新技術企業，可以減按15%的稅率征收企業所得稅。
2.R&D費用加計扣除:高新技術企業在計算應納稅所得額時，可以加計扣除R&D費用，從而減少實際納稅額。
3.設備、器具壹次性稅前扣除:高新技術企業購買的設備、器具可在稅前壹次性扣除，減輕企業稅負。
第二，個人所得稅優惠
對於高新技術企業的員工，尤其是技術人員，也有相應的個人所得稅優惠政策。比如有限合夥制創業投資企業的個人合夥人，在投資初創科技型企業時，可以按照投資額的壹定比例抵扣應納稅所得額。
第三，其他稅收優惠
1.技術轉讓收入的減免:居民企業技術轉讓收入可在壹定額度內免征或減半征收。
2.軟件企業稅收優惠:對軟件企業認定的高新技術企業，還可享受營業稅、增值稅減免政策。