為什麽申報高新技術企業會在稅務部門受阻呢？因為稅務部門對於高新技術企業認定政策與其他部門理解不同，稅務部門更了解企業的真實情況，對高新企業申報的資料會有更多的疑問。常見的有這兩個疑問：
壹、核算研發費內容上存在疑問
有些企業為了達到高新技術企業認定管理辦法條件的比例要求，會將研究費用和其他支出費用壹起列入研究開發費用會計科目進行歸集，因為這樣就可以加大研究開發費用的比例，借此提高在企業所得稅前加計75%進行扣除的優惠金額！
但事實上，高新認定中研發費用的歸集範圍與加計扣除的研發費用歸集範圍是不壹致的，高新技術企業認定管理辦法中的研究開發費用歸集內容大於企業所得稅法中可以加計扣除的研究開發費用歸集的內容，如果在高新企業申報中歸集的不能用於加計扣除的研究開發費用，在稅局申報辦理研發費用加計扣除時是需要剔除出來的。
二、對獨占實施許可獲得的專利存在疑問
通過這種方式獲取的知識產權，稅務部門是沒有爭議的，有疑問的是企業所持有的這類知識產權是否和企業的生產和經營有主要關系。
從時間上來說，企業的產品會呈更新升級狀態以適應市場的變化，那這類產品的基礎技術產生於早期的非獨占方式取得的“生產技術”，而後期持續進行的技術升級與前期的“基礎技術”已經有了根本性的區別，後期升級的技術也給企業產生了經濟效益。那麽這個核心技術是以哪個時間段的技術為主呢?由於稅務機關無法對核心技術準確定義，僅能依據“高新企業認定小組”的批文作為享受稅收優惠的依據，所以在審核時就成為了爭議的地方！