扣除員工五險壹金扣款後計算個人所得稅。但額外補貼需要相加，壹起計算。員工補貼也計入員工本月收入，應計入收入計算個人所得稅。
五險壹金是指用人單位給予勞動者的幾種保障福利的統稱，包括養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險和生育保險、住房公積金等。中華人民共和國境內的用人單位和個人依法繳納社會保險費，有權查詢繳費記錄和個人權益記錄，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。個人依法享受社會保險待遇，有權監督本單位的繳費情況。
各稅種的稅率如下:
1.工資、薪金所得適用七級超額累進稅率，按照月應納稅所得額計算。稅率按照個人月工資、薪金所得應納稅所得額劃分等級，最高壹級為45%，最低壹級為3%，***7級；
2.個體工商戶生產經營所得和企事業單位適用的5級超額累進稅率。個體工商戶的生產經營所得和企事業單位的承包經營、租賃經營的年應納稅所得額分等級，最低等級為5%，最高等級為35%，等級為* * * 5；
3.比例稅率。對稿酬所得、勞務報酬所得、特許權使用費所得、利息、股息、紅利所得、財產租賃所得、財產轉讓所得、偶然所得和其他所得征收個人所得稅，適用20%的比例稅率。
綜上所述，個稅的稅率是根據收入水平和來源確定的，不同的收入水平和來源有不同的稅率。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第十三條
納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，繳納稅款。
納稅人取得應納稅所得額，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年6月30日前繳納稅款；稅務機關通知納稅人限期繳納的，納稅人應當限期繳納。
居民個人從中國境外取得所得，應當於次年3月1日至6月30日申報納稅。
非居民個人在中國境內兩處以上取得工資、薪金所得，應當於次月15日內申報納稅。
納稅人因移居國外註銷境內戶口的，應當在註銷境內戶口前辦理納稅清算。