1、首先，打開自然人電子稅務局（扣繳端）（以下簡稱扣繳端），登錄扣繳端。
2、在登錄進入扣繳端界面以後，點擊“代扣代繳”子目錄下進入系統的退付手續費核對功能。
3、點擊獲取結報單，等待系統自動查詢出退付手續費信息後核對所屬期、數據是否準確。
4、核對無誤之後，點擊“我已核對無誤”按鈕提交。
5、點擊“我已核對無誤”後系統彈出“代扣代繳手續費退費申請”，選擇“開戶銀行”、“銀行賬號”，“開戶銀行網點”自動帶出。閱讀聲明後，點擊“提交”。提示信息“確認成功”彈框，點擊“確定”。
6、填報完成後系統將推送至稅務機關審核，等待審核完成後，即可返還對應的手續費。
法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》
第九條 個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。
第十三條 納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並繳納稅款。納稅人取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年六月三十日前，繳納稅款；稅務機關通知限期繳納的，納稅人應當按照期限繳納稅款。居民個人從中國境外取得所得的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內申報納稅。非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得的，應當在取得所得的次月十五日內申報納稅。納稅人因移居境外註銷中國戶籍的，應當在註銷中國戶籍前辦理稅款清算。
第十四條 扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核後，按照國庫管理的有關規定辦理退稅。