1、由單位辦理申報，納稅人向扣繳義務人提供專項附加扣除的相關信息後，由單位在每月發放工資時預扣預繳稅款，並按月享受專項附加扣除政策；
2、個人自行申報，納稅人可以在年度綜合所得匯算清繳申報時，向主管稅務機關提供相關信息，自行辦理專項附加扣除。
個稅專項扣除的申報渠道：
1. 通過稅務局官方網站進行在線申報；
2. 使用手機下載並註冊國家稅務總局個人所得稅APP，通過APP申報；
3. 利用單位提供的自助申報終端或者由單位代為申報；
4. 前往當地稅務局辦稅服務廳，由工作人員協助完成申報。
綜上所述，個稅專項扣除的申報方式包括由單位辦理申報和個人自行申報兩種方式。單位辦理申報時，納稅人需向單位提供相關信息，單位在每月發放工資時預扣預繳稅款，並享受專項附加扣除政策。個人自行申報時，納稅人可以在年度綜合所得匯算清繳申報時，向稅務機關提供相關信息，自行辦理專項附加扣除。
法律依據：
《個人所得稅專項附加扣除操作辦法》
第四條
享受子女教育、繼續教育、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人專項附加扣除的納稅人，自符合條件開始，可以向支付工資、薪金所得的扣繳義務人提供上述專項附加扣除有關信息，由扣繳義務人在預扣預繳稅款時，按其在本單位本年可享受的累計扣除額辦理扣除；也可以在次年3月1日至6月30日內，向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人辦理上述專項附加扣除的，對同壹專項附加扣除項目，壹個納稅年度內，納稅人只能選擇從其中壹處扣除。享受大病醫療專項附加扣除的納稅人，由其在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。