1，稅務問題:個體戶長期不註銷可能導致欠稅越來越多，加上滯納金和罰款，最終導致企業面臨巨大的稅務風險；
2.信用問題:個體戶長期不註銷可能會影響企業的信用記錄。信用記錄是企業獲得合作夥伴貸款和信任的重要依據。如果信用記錄受損，可能會影響企業的發展。
3.其他問題:個體戶長期不註銷可能導致企業社會責任問題，比如環保、安全生產方面的違規問題。
個體經營者的註銷應當按照下列程序辦理:
1.辦理稅務註銷:個體戶應向當地稅務機關申請辦理稅務註銷，並進行清算。清算期間，個體戶應當提交相關財務報表和納稅申報表，繳納應繳納的稅款和罰款。稅務部門審核無誤後，方可辦理稅務註銷手續；
2.辦理工商註銷:個體戶應向當地工商部門申請工商註銷，進行清算。清算期間，個體戶應當提交相關財務報表和工商申報表，繳納應繳納的費用和罰款。經工商部門審核無誤後，方可辦理工商註銷手續；
3.取得註銷證明:個體戶辦理完稅務、工商註銷手續後，可向有關部門取得註銷證明。註銷證明是企業依法註銷的重要證明，應妥善保管。
綜上所述，個體戶註銷時應進行清算，確保納稅和社會保險問題得到妥善解決。同時，個體戶應妥善保管營業執照、稅務登記證、社會保險證明和財務報表等相關文件和憑證，以備日後查詢和使用。
法律依據:
《中華人民共和國稅收征收管理法》第十六條
從事生產、經營的納稅人，稅務登記內容發生變化的，應當自工商行政管理機關辦理變更登記之日起30日內或者在向工商行政管理機關申請註銷登記前，持有關證件向稅務機關申報辦理變更或者註銷稅務登記。