工效掛鉤企業基數的核定包括經濟效益基數的核定和工資總額基數的核定以及浮動比例的確定。
1、經濟效益基數的核定。工效掛鉤的經濟效益指標以實現稅利為主（外貿企業實行收匯美元工資含量與實現稅利雙掛鉤辦法)，同時，可根據企業生產經營特點不同，選擇實物（工作)量、業務量、銷售收入、創匯額及勞動生產宰、工資利稅率、資本利稅率等綜合經濟效益指標作為復合掛鉤指標，對文教企業還要考慮社會效益等特殊情況。虧損企業可實行工資總額與減虧指標掛鉤。經濟效益基數原則上以上年實提新增效益（下浮)工資相應的效益完成數為基礎確定。
2、工資總額基數的核定。工資總額基數，根據國家關於工資總額的構成規定，原則上以本單位上年勞動工資年報數為基礎，核減壹次性補發上年工資、成建制劃出職工工資以及各種不合理的工資性支出；核增上年增人、轉正定級、成建制劃人職工的翹尾工資，以及國家規定的其它增減工資的因素後確定。已實行工效掛鉤的企業，其掛鉤工資總額基數應以上年工效掛鉤結算的實提工資總額為基數，加上上年翹尾工資進行確定。
3、浮動比例的確定。已實行工效掛鉤的企業，確定的浮動比例不得隨意調整。新掛鉤企業，其浮動比例要用反映企業投入產出綜合經濟效益的總資產報酬串、資本收益率，社會貢獻率等指標來調節。浮動比例壹般為稅利增長1%工資總額增長0.3%至0.8%。 新增效益工資的計算公式為：
新增效益工資=[（當年實現稅金+當年實現毛利潤)/當年核定的稅利基數-1]×當年核定的工資]額基數×浮動比例
毛實現利潤=報表利潤+（已進成本工資-核定的工資總額基數)
當年應提掛鉤工資總額=當年核定的工資總額基數+新增效益工資
工效掛鉤的結算應按核定的掛鉤方案計提效益工資或下浮工資。企業新增效益工資應以增長利潤為限，不得倒掛，更不得發生虧損（虧損企業應以不增加虧損為限)。 工資總額增長幅度=（全年提取的工資總額—上年提取的工資總額)/上年提取的工資總額×100%
工資總額增長幅度高於經濟效益增長幅度情況下；
當年可在稅前扣除的工資總額=上年提取工資總額×（經濟效益增長幅度+1） 人均工資增長幅度=（全年提取的工資總額/本年平均職工人數—上年提取的工資總額/上年平均職工人數)/（上年提取的工資總額÷上年平均職工人數)×100%
人均工資增長幅度高於勞動生產率增長幅度情況下：
當年可在稅前扣除的工資總額=上年人均工資×（勞動生產率增長幅度+1）×本年平均職工人數
如果同時出現工資總額增長幅度和人均工資增長幅度分別高於經濟蚊益增長幅度和勞動生產率增長幅度的情況，則取兩種情況下計算的可在稅前扣除工資總額之較小的為符合“兩低於”原則的稅前可扣除工資總額。
實行工效掛鉤辦法的企業，當年符合。“兩低於”原則稅前可扣除的工資總額，不高於實際發放數的，可在當年企亞所得稅稅前扣除；高於實際發放數的，超過實際發放數的部分，不得在當年企業所得稅稅前扣除；超過部分用於建立工資儲備基金的，在以後年度實際發放時，經主管稅務機關審核，在實際發放年度企業所得稅稅前據實扣除。其具體計算方法如下：
1、將當年可在稅前扣除的工資總額與當年實際發放的工資總額進行比較，從而確定其當年稅前實際扣除數。
2，當年可在稅前扣除的工資總額高於實際發放數時，其當年稅前實際扣除的工資總額為當年實際發放工資總額加當年發放以前年度工資儲備基金數（稅務機關審核同意稅前扣除的部分)，