1. 投入產出法：當期允許抵扣的農產品增值稅進項稅額=當期農產品耗用數量乘以農產品平均購買單價乘以扣除率/（1加扣除率）；
2. 成本法：當期允許抵扣的農產品增值稅進項稅額=當期主營業務成本乘以農產品耗用率乘以扣除率/（1加扣除率）。
農產品的稅收優惠政策：
1、增值稅即征即退政策：對符合條件的農產品實行即征即退的增值稅優惠政策，退還部分或全部增值稅；
2、免征增值稅政策：對於直接銷售自產的農產品，免征增值稅；
3、農業稅收減免：對於從事農業生產的納稅人，可以享受農業稅收的減免；
4、農業保險補貼：政府對購買農業保險的農民給予壹定比例的保費補貼；
5、農業生產資料稅收優惠：對農業生產資料如化肥、農藥等實行稅收優惠政策。
綜上所述，購進農產品的進項稅額可通過投入產出法和成本法計算，前者依據農產品耗用數量和平均購買單價確定稅額，後者則根據主營業務成本和農產品耗用率來計算，兩種方法均涉及扣除率在計算中的應用。
法律依據：
《國家稅務總局關於在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法有關問題的公告》
第三條
納入試點範圍的增值稅壹般納稅人（以下簡稱試點納稅人）按照《通知》附件1《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》（以下簡稱《實施辦法》）第四條中“投入產出法”的有關規定核定農產品增值稅進項稅額時，如果期初沒有庫存農產品，當期也未購進農產品的，農產品“期末平均買價”以該農產品上期期末平均買價計算；上期期末仍無農產品買價的依此類推。
按照“成本法”的有關規定核定試點納稅人農產品增值稅進項稅額時，“主營業務成本”、“生產成本”中不包括其未耗用農產品的產品的成本。