我們來分析壹下各稅種：
1. 流轉稅：純粹的股權轉讓不需要繳納流轉稅，即營業稅，增值稅，消費稅，但是股權轉讓伴隨的資產重組有可能繳納流轉稅；
2. 所得稅：股權轉讓有所得的，按照應納稅所得額繳納所得稅，如果自然人股東將股權轉讓給他人的，應按照收入所得的20%繳納個人所得稅。法律法規規章規定不交或免交的除外，比如個人在上海證券交易所、深圳證券交易所轉讓從上市公司公開發行與轉讓市場取得的上市公司股票所得繼續免征個人所得稅；
關於征稅時間和地點：按照國稅函［2009］285號文件第壹條規定：“股權交易各方在簽訂股權轉讓協議並完成股權轉讓交易以後至企業變更股權登記之前，負有納稅義務或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方，應到主管稅務機關辦理納稅（扣繳）申報，並持稅務機關開具的股權轉讓所得繳納個人所得稅完稅憑證或免稅、不征稅證明，到工商行政管理部門辦理股權變更登記手續。”股權交易各方已簽訂股權轉讓協議，但未完成股權轉讓交易的，企業在向工商行政管理部門申請股權變更登記時，應填寫《個人股東變動情況報告表》並向主管稅務機關申報。
3. 印花稅：按照產權轉移數據，按轉讓價的萬分之五交印花稅。對買賣、繼承、贈與所書立的A股、B股股權轉讓書據的出讓方按千分之壹的稅率征收證券（股票）交易印花稅，對受讓方不再征稅。
4. 土地增值稅：根據國家稅務總局國稅函〔2000〕687號的規定，如果以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建築物及附著物，則應當繳納土地增值稅。
股權轉讓所得額的確認：
轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本後，為轉讓股權所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額，這壹點尤其要註意，這個是國家稅務總局修訂過的規定。
對申報的股權轉讓所得的計稅依據明顯偏低（如平價和低價轉讓等）且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股凈資產或個人股東享有的股權比例所對應的凈資產份額核定。
國家稅務總局的國稅函（2009）285號和《國家稅務總局關於股權轉讓所得個人所得稅計稅依據核定問題的公告》(2010年第27號)規定，對申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的，可參照每股凈資產或納稅人享有的股權比例所對應的凈資產份額核定股權轉讓收入。
（二）本條第壹項所稱正當理由，是指以下情形：
1、所投資企業連續三年以上（含三年）虧損；
2、因國家政策調整的原因而低價轉讓股權；
3、將股權轉讓給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
壹般來說計稅依據明顯偏低指申報的股權轉讓價格低於初始投資成本或低於取得該股權所支付的價款及相關稅費。所以股權低價轉讓是有條件的，否則很有可能被稅務機關納稅調整甚至追征稅金及滯納金。
在實踐中，有些股東與股權受讓方簽訂了如下條款：“股權轉讓中所有稅費由股權受讓方承擔”。在這裏需要特別提醒股權轉讓方，雖然有此約定，股權轉讓方仍然是納稅義務人，負有股權轉讓應當繳納各稅的義務，當然，既然有上述合同約定，股權受讓人是應當在合同關系上對股權轉讓方應當繳納的稅款負有支付義務的。即，這句話的效力是：對外（稅務局等）不生效，對內（股權受讓方）生效。但如果雙方沒有約定諸如“如果股權受讓方違約應當向股權轉讓方承擔全部賠償責任，包括但不限於……”的話，股權轉讓方不得要求股權受讓方承擔稅務局要求股權轉讓方承擔的滯納金。
另外，股權轉讓中還牽扯其他較復雜的法律和稅務問題，比如盈余公積、未分配利潤與資本公積轉增資本或分配的稅務問題，評估增值，非貨幣資產投資，股權交換，債權轉股權，非居民企業的間接轉讓居民企業股權，個人股權參與上市公司定向增發等稅務問題等。比如南京浦東建設的股東將其股權作為出資買了蘇寧的股票，國家稅務總局就此專門發文“關於個人以股權參與上市公司定向增發征收個人所得稅的批復（國稅函〔2011〕89號）”，規定：“根據《中華人民***和國個人所得稅法》及其實施條例等規定，南京浦東建設發展有限公司自然人以其所持該公司股權評估增值後，參與蘇寧環球股份有限公司定向增發股票，屬於股權轉讓行為，其取得所得，應按照“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅。”