資產收購，受讓企業收購的資產不低於轉讓企業全部資產的75%，且受讓企業在該資產收購發生時的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規定處理：
1.轉讓企業取得受讓企業股權的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。
2.受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。
對於其中的第壹點，轉讓企業取得受讓企業股權的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定，這壹點我沒有疑問，沒有任何問題。
關鍵是對於第二點，受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定，我認為這條規定的稅務處理時存在問題的。
首先，對於特殊性稅務處理下，對於受讓企業在收購時所發生的股權支付應該要進行壹個必要的區分。這壹點，我認為是非常重要的，他直接影響到雙方交易性質的認定和以後的稅務處理。
根據財稅200959號文第二條的規定：本通知所稱股權支付，是指企業重組中購買、換取資產的壹方支付的對價中，以本企業或其控股企業的股權、股份作為支付的形式。
但是，企業以其本企業的股權進行支付和以其持有的控股企業的股權進行支付，從性質上來講是兩種完全不同的經濟行為。本企業的股權是企業的權益，控股企業的股權是企業的資產。受讓方以本企業股權換取轉讓方資產，從交易的經濟性質上講，是壹個接受投資的行為；而企業用其控股企業股權換取轉讓方資產，從交易的經濟性質上，是壹個非貨幣性交易行為。不同的經濟行為，他們的稅務處理應該是不相同的。
第壹種情況：企業以自己的股權作為支付對價進行資產收購
對於轉讓方而言，是以轉讓資產為代價，換取股權。既然按特殊性稅務處理，資產轉讓環節的增值不確認的話，換取的股權的計稅基礎仍應以原被轉讓資產的計稅基礎確認，這個沒有問題。
但是，對於受讓方而言，如果以企業自己的股權作為支付對價，其本質上是壹個接受轉讓方以資產進行投資的行為。根據《企業所得稅法實施條例》第五十八條第五款的規定：通過捐贈、投資、非貨幣性資產交換、債務重組等方式取得的固定資產，以該資產的公允價值和支付的相關稅費為計稅基礎。
因此，對於受讓方而言，在以其本身股權作為支付對價進行資產收購的情況下，無論是按壹般稅務處理還是特殊稅務處理，其取得資產的計稅基礎都應該是資產的公允價值，而不是被轉讓資產的原有計稅基礎。否則，這種處理方式既和上位法《企業所得稅法實施條例》規定沖突，也會產生重復征稅行為。
例如：A企業收購B企業的全部資產，B企業資產的計稅基礎為200萬，公允價值為500萬。A企業用其自身股權進行支付，支付了200萬股權給B企業。
按壹般性稅務處理：
B企業確認300萬資產轉讓所得，取得的股權的計稅基礎為500萬
A企業取得的資產按500萬確認計稅基礎。
特殊性稅務處理：
如果按59號文的規定：
B企業不確認資產轉讓所得，取得的股權計稅基礎按200萬確認
A企業取得的資產也按200萬確認計稅基礎。
這時我們就看到，無論B企業如何稅務處理，在交易雙方的交易基礎是建立在公平基礎上的話（不存在關聯交易並符合獨立交易原則），A企業支付的200萬自身股權的公允價值都是500萬。
B企業如果確認了300萬資產轉讓增值，其取得的股權計稅基礎就按500萬確認。不確認300萬資產轉讓增值，股權計稅基礎就是200萬。無論B如何處理，A都是壹個接受B企業投資並支付權益的過程。所以A企業取得的資產的入賬價值無論是壹般稅務處理還是特殊稅務處理，都應該是500萬。否則，B企業300萬的資產增值收益不僅在B企業要征稅，同時到A企業來還要征稅，就存在對於同壹筆資產的增值收益被征收了兩次企業所得稅的情況，這個是不妥當的。
第二種情況：企業以其控股企業股權作為支付對價進行資產收購
這種交易的本質是壹種非貨幣性交易行為。
對於轉讓方而言，在不確認原資產增值收益的前提下，以被轉讓資產的計稅基礎作為取得股權的計稅基礎的稅務處理時完全正確的。
但是，對於受讓方而言，在特殊性稅務處理下，59號文規定：受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。
問題的關鍵是在於，對於受讓方而言，這裏文件提到的“被轉讓資產”究竟是轉讓企業的資產還是受讓資產的資產（即控股企業股權）。由於說明不清，實踐中有爭議，很多人支持是轉讓企業的資產，但我認為這種理解是存在很大問題的，他不僅導致了所得稅稅基的不連續性，甚至會導致稅款的大量流失。
例如：A企業收購B企業的全部資產，A企業用其持有的控股企業30%的股權作為支付對價。A企業持有的股權的計稅基礎為500萬，公允價值為1000萬。B企業資產的計稅基礎為2000萬，公允價值為1000萬。
如果按壹般稅務處理，A企業確認500萬資產轉讓所得，取得的B企業資產按1000萬確認計稅基礎。B企業確認1000萬資產轉讓損失，按規定報稅務機關審批後扣除。取得股權的計稅基礎為1000萬。
在特殊性稅務處理下：
B企業不確認資產轉讓損失，但其取得股權的計稅基礎為2000萬。
A企業不確認資產轉讓所得，這時他取得B企業資產的計稅基礎究竟是按500萬確認還是按2000萬確認呢？如果按很多人的理解A企業取得的資產按2000萬確認的話，這裏就存在著很大的稅收流失問題。因為， A企業支付的控股企業股權的公允價值等於B企業資產的公允價值，都是1000萬。如果他們在資產收購後立即賣出資產的話，不僅B企業要確認1000萬資產轉讓損失，連A企業也要確認1000萬資產轉讓損失。而在壹般性稅務處理下，A企業是要確認500萬資產轉讓所得的。因此，如果將這裏“被轉讓資產”理解為轉讓方資產的話，不僅會導致所得稅處理上的不連續性，而且會導致大量稅款的流失。因此，這裏正確的理解是，在特殊性稅務處理下，各自取得資產的計稅基礎都硬按各自被轉讓資產的計稅基礎確認。
綜合以上說明，我認為，對於資產收購的特殊性稅務處理，我們要按受讓方支付股權的不同方式來分別規定：
在受讓方以自身股權作為支付對價的情況下，受讓方取得的資產應按公允價值作為計稅基礎；
在受讓方以其持有的控股企業股權作為支付對價的情況下，受讓方取得資產的計稅基礎應以其被轉讓的控股企業股權的原計稅基礎確認。