我國最早提出對股權轉讓征稅的法律文件，是1994年財政部發布的《企業所得稅暫行條例實施細則》，不過，具體的計征辦法是在國家稅務總局數年後出臺的規範性文件中逐漸明確的。因循企業所得稅內外有別的傳統，在股權轉讓收益征稅問題上也出現了內、外資企業各自適用的規章：
—— 對於外商投資企業，1997年4月，國家稅務總局發布了《關於外商投資企業合並、分立、股權重組、資產轉讓等重組業務所得稅處理的暫行規定》(國稅發 [1997]71號)，以下簡稱《外資重組規定》)，對外商投資企業的股權轉讓收入如何征稅作出了明確而具體的規定。
——對於內資企業，國家稅務總局在1998—2000年間先後出臺了壹系列的規定，包括《企業改組改制中若幹所得稅業務問題的暫行規定》(國稅發[1998]97號，以下簡稱《內資改制規定》)，《關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118號，以下簡稱《股權投資通知》)、《國家稅務總局關於企業合並分立業務有關所得稅問題的通知》(國稅發[2002]119號)等。
在上述規範性文件中，國家稅務總局在1997—98年間實行的政策是區別股權轉讓所得中的“持有收益”與“處置收益”，將“持有收益”作為股息性所得看待，免予納稅。1997《外資重組規定》與1998《內資改制規定》對此的表述幾乎完全壹致：
股權轉讓收益或損失壹股權轉讓價壹股權成本價
股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額；如被持股企業有未分配利潤或稅後提存的各項基金等股東留存收益的，股權轉讓人隨轉讓股權壹並轉讓該股東留存收益權的金額(以不超過被持股企業帳面分屬為股權轉讓人的實有金額為限)，屬於該股權轉讓人的投資收益額，不計為股權轉讓價。
然而，2000年以後，國家稅務總局似乎改變了以往的做法，在其發布的《股權投資通知》中，不再區分“持有收益”與“處置收益”，而是將整個股權轉讓收益視為資本利得，其規定如下：
企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的余額。企業股權投資轉讓所得應並入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
《股權投資通知》並沒有界定股權轉讓的概念，也沒有明確自己的適用範圍，只是在通知的最後有壹條：“此前規定與本通知規定不壹致的，按本通知規定執行。”由此，在實務中引發了關於《股權投資通知》與《外資重組規定》、《內資改制規定》之間的效力關系的爭議。多數人理解《股權投資通知》取代了《內資改制規定》的規則，股權轉讓中不得再確認並扣除持有收益。壹些人甚至認為《外資重組規定》確認持有收益的規則也不再適用。實踐中也出現了大量將股權轉讓時機與利潤分配聯系起來的稅收籌劃。
依壹般法理，《股權投資通知》主要是與《內資改制規定》的沖突。企業改制、改組中壹般都會涉及股權轉讓，因此，《股權投資通知》的適用範圍與《內資改制規定》存在很大重疊。至於《外資重組規定》，其引言部分表明依據的是《外商投資企業和外國企業所得稅法》，而《股權投資通知》開篇則說明其“依據《企業所得稅暫行條例實施細則》……”，且企業所得稅的內外有別也是我國長期以來的做法，因此，從法理上看，外商投資企業的股權重組應可以繼續適用《外資重組規定》。