(1)非上市公司非以股份形式發生的公司股權轉讓，屬於財產所有權轉讓，按財產所有權轉讓繳納印花稅。《印花稅稅目稅率表》第11項規定，產權轉讓證明應當加蓋所載金額萬分之五的印花。國稅發[1991]155號文第十條進壹步明確“財產所有權轉移憑證的征稅範圍為:經政府管理機關登記的動產、不動產所有權轉移憑證，企業股權轉讓憑證。”這裏的企業股權轉讓書證是指未上市公司股權轉讓書證，不包括上市公司股票轉讓書證。
(2)中華人民共和國財政部、國家稅務總局對上市公司證券交易所賬簿記錄如何征收印花稅作出了特別規定。2008年4月，經國務院批準，中華人民共和國財政部、國家稅務總局決定自2008年4月24日起，將證券(股票)交易印花稅稅率由現行的千分之三調整為千分之壹。也就是說，對於買賣、繼承、贈與的a股和b股股權轉讓數據，當事人分別按照千分之壹的稅率繳納證券交易印花稅。
(三)因國務院和省級人民政府決定或批準政企脫鉤、企業(集團)重組、管理體制轉變、企業隸屬關系變更、國有企業重組和國有企業資產盤活等原因，無償劃轉國有股份的行為，不征收證券交易印花稅。
股權轉讓頻率不高，很多納稅人不知道股權轉讓憑證需要貼花。事實上，印花稅作為壹種行為稅，只要納稅人開具並收到《中華人民共和國印花稅暫行條例》所列的應稅憑證，就必須加蓋印花。股權轉讓成立的書證屬於印花稅稅目。
(1)適用稅目。根據《關於印花稅若幹具體問題的解釋和規定的通知》(國稅發[1991]55號)第十條規定，企業股權轉讓書證屬於“財產權利轉移書證”稅目中財產所有權轉移書證的征稅範圍。
(2)稅率。根據《中華人民共和國印花稅暫行條例》附件規定，產權轉讓文書的稅率為:所載金額的萬分之五。
(3)納稅人。納稅人是質權人，即轉讓人和受讓人。
(4)納稅義務發生的時間。《中華人民共和國印花稅暫行條例》第七條規定:應納稅憑證應當在賬簿設立或者領取時粘貼。
(5)納稅實例。2001成立有限公司。原自然人股東A、B分別出資1萬元、1.5萬元。2011年5月6日，分別在C自然人處簽訂股權轉讓協議，約定A將其50萬元轉讓給。那麽甲、乙、丙應繳納的印花稅分別為50×5=250元、150×5=750元和(50+150)×5=1000元。
2.個人所得稅
根據個人所得稅法律法規的有關規定，個人所得稅應按“財產轉讓所得”項目，按20%的稅率計算繳納。財產轉讓所得，以財產轉讓所得減除財產原值和合理費用後的余額為應納稅所得額。
合理費用是指納稅人在轉讓財產過程中按照有關規定支付的費用，包括營業稅、城建稅、教育費附加、資產評估費、中介服務費等。證券的財產原值是指買入時按照規定支付的相關費用。-
需要註意的是，在計算應繳納的稅款時，必須提供相關法律文件。因不能提供完整、準確的財產原值合法憑證而無法正確計算財產原值的，主管稅務機關可根據當地實際情況核定財產原值。
很多納稅人和扣繳義務人對股權轉讓環節可能涉及的個人所得稅納稅義務理解片面，認為只要自然人股東以平價或低價形式轉讓股權，就沒有收入，不需要申報繳納或代扣代繳個人所得稅；甚至有些受讓方在支付轉讓方(原自然人股東)時並不知道自己有代扣代繳個人所得稅的義務，給雙方增加了不必要的成本和損失。現在我整理壹下相關政策。
(1)適用稅目。《中華人民共和國個人所得稅法》(以下簡稱《個人所得稅法》)第二條第九項規定，財產轉讓所得，應當繳納個人所得稅。《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》(以下簡稱條例)第八條第九項規定，股權轉讓所得屬於財產轉讓所得。
(2)應納稅所得額的計算。實施條例第二十二條規定，財產轉讓所得以壹次減除財產原值和合理費用後的余額為應納稅所得額。
就股權轉讓所得而言，其應納稅所得額=股權轉讓價格-股權稅費成本-印花稅及其他與股權轉讓相關的稅費。
自然人股東股權轉讓價格是自然人股東以現金、非貨幣資產或權益形式收取的金額，實際交易價格為股權轉讓價格。股權轉讓對價為實物的，按照收購憑證上註明的價格計算，但憑證上註明的價格明顯偏低或者沒有憑證的，由主管地方稅務機關參照當地市場價格核定。
自然人股東股權轉讓完成後，因受讓方未在規定期限內支付價款而從轉讓方取得的個人收入，屬於股權轉讓產生的收入。
股權的計稅成本，是指自然人股東投資股權時實際交付給企業的資本金額，或者購買股權時實際支付給股權原轉讓方的股權轉讓價款金額。
(3)稅率。《個人所得稅法》第五條第五項規定，財產轉讓所得適用比例稅率，稅率為20%。
(四)納稅人、扣繳義務人。《個人所得稅法》第八條規定，個人所得稅由納稅人繳納，由支付所得的單位或者個人代扣代繳。股權轉讓，受讓方為扣繳義務人。
(5)納稅申報。實施條例第三十五條規定，扣繳義務人向個人支付應納稅款時，應當按照稅法的規定代扣代繳稅款，按時繳庫，並專項記錄備查。同時，《個人所得稅法》第九條規定，扣繳義務人每月扣繳的稅款，應當於次月十五日內上繳國庫，並向稅務機關報送納稅申報表。
國稅函〔2009〕285號文件第壹條規定，股權交易雙方簽訂股權轉讓協議並完成股權轉讓交易後，企業變更股權登記前，負有納稅或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方應向主管稅務機關辦理納稅(代扣代繳)申報，繳納稅務機關出具的個人所得稅完稅證明或免稅或不免稅證明，並向工商行政管理部門辦理股權變更登記手續。第二條規定，股權交易雙方已簽訂股權轉讓協議，但未完成股權轉讓交易的，企業在向工商行政管理部門申請股權變更登記時，應當填寫《個人股東變更報告書》，向主管稅務機關申報。
(六)主管稅務機關。國稅函〔2009〕285號文件第三條規定，個人股東股權轉讓所得的個人所得稅，以股權變動發生地企業所在地稅務機關為主管稅務機關。
(7)公平價格和低價轉讓的稅收政策。國稅函〔2009〕285號文件第四條第二款規定，如果申報的計稅依據明顯偏低(如平價、低價轉讓等。)且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股凈資產對應的凈資產份額或個人股東享有的股權比例進行核定。
國家稅務總局27號公告(2010)第二條、第三條、第四條分別明確了無正當理由明顯偏低的計稅依據如何判斷，什麽是正當理由，無正當理由明顯偏低的申報計稅依據如何核定。
第二條第壹款，無正當理由符合下列情形之壹的，可以視為計稅依據明顯偏低:1。申報的股權轉讓價格低於初始投資成本或取得股權所支付的價格及相關稅費；2.申報的股權轉讓價格低於對應的凈資產份額；3.申報的股權轉讓價格低於相同或類似條件下同壹股東或同壹企業其他股東的股權轉讓價格；4.申報的股權轉讓價格低於同行業企業在同等或類似條件下的股權轉讓價格；5.主管稅務機關認定的其他情形。
第二條第二款規定的正當理由是指以下幾種情況:1。被投資企業連續三年以上(含三年)虧損；2.因國家政策調整低價轉讓股權；3.將股權轉讓給轉讓方的配偶、父母、子女、祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓方負有直接贍養或扶養義務的贍養人或扶養人；4.主管稅務機關認定的其他合理情形。
第三條規定，申報計稅依據明顯偏低且無正當理由的，可以采取以下核定方法: (壹)參照每股凈資產份額或者納稅人享有的股權比例核定股權轉讓收入。對於擁有知識產權、土地使用權、房屋、探礦權、采礦權、股權等的企業，其中占總資產50%以上的，凈資產額必須經中介機構評估驗證。(2)參照股權轉讓價格核定的股權轉讓收入，在相同或者類似條件下，同壹股東或者同壹企業的其他股東。(三)參照同行業相同或類似條件企業的股權轉讓價格核定股權轉讓收入。(四)納稅人對主管稅務機關采用的上述核定方法有異議的，應當提供相關證據。主管稅務機關認定屬實後，可以采取其他合理的核實方式。
(8)納稅實例。在最後壹個例子中，如果公司在股權變更前4月份的凈資產總額為270萬元，且甲、乙雙方均不存在國家規定的親屬關系、贍養關系和扶養關系，那麽公允價格轉讓行為明顯計稅依據偏低且無正當理由。稅務機關可核定股權轉讓收入270×100÷(100+150)= 108萬元和270 × 150 ÷ (65438)股權應納稅成本分別為654.38+0萬元和654.38+0.5萬元，可抵扣的稅款為250甲和乙應分別繳納個人所得稅(654.38+0.080000-654.38+0.000000-250)×20% = 654.38+0.599。A、B以凈資產超過270萬元的價格轉讓給C的，按照實際交易價格計算股權轉讓價格。
3.企業所得稅。
企業股東轉讓股權會涉及企業所得稅。企業股權投資轉讓所得並入企業應納稅所得額，依法繳納企業所得稅。
(1)收入。《中華人民共和國企業所得稅法》(以下簡稱企業所得稅法)第六條第三款規定，財產轉讓所得，計入企業收入總額。《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第十六條規定，企業轉讓股權取得的所得，屬於財產轉讓所得。
(2)演繹。根據企業所得稅法第八條規定，企業實際發生的與收入有關的合理費用，包括成本、費用、稅金、損失和其他費用，準予在計算應納稅所得額時扣除。就股權轉讓而言，可以扣除股權的稅收成本和股權轉讓相關的印花稅。
(3)應納稅所得額。等於股權轉讓收入減去股權稅費成本後的余額。
(4)稅率:《企業所得稅法》第四條規定，企業所得稅稅率為25%。《企業所得稅法》第四章第二十八條規定，符合條件的小型微利企業，減按20%的稅率征收企業所得稅。國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率征收企業所得稅。
(5)企業股權投資轉讓收益或損失，是指股權投資收回、轉讓或清算的收益扣除股權投資成本後的余額。國〔2004〕390號規定，企業在壹般股權交易中，應按照《中華人民共和國國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》(國稅發〔2000〕118號)的有關規定；股權轉讓方應分享的被投資單位的累計未分配利潤或累計盈余公積，應確認為股權轉讓收益，不應確認為股利收益。
(6)國稅發[2000]118號規定，企業股權投資轉讓所得並入企業應納稅所得額，依法繳納企業所得稅；投資企業取得股息類投資收益，投資企業適用的所得稅稅率高於被投資企業適用的所得稅稅率的，除國家稅收法律法規規定的定期減免稅優惠外，取得的投資收益應當按規定減記為稅前收入，再並入投資企業的應納稅所得額，依法補繳企業所得稅。根據上述規定，投資企業可以利用其在被投資企業中的影響力，先分配利潤，再轉讓股權，以減少所得稅費用。-
(7)國家稅務總局國稅發[2004]390號《關於提高稅後凈收入股權轉讓所得稅的補充規定》:
(1)企業在進行壹般股權(包括轉讓股權或股份)交易時，應按照《中華人民共和國國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118)的有關規定執行。股權轉讓方應分享的被投資單位的累計未分配利潤或累計盈余公積，應確認為股權轉讓收益，不應確認為股利收益；
(二)企業清算或轉讓全資子公司或持股95%以上的企業時，應按照《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈企業改制若幹所得稅問題的暫行規定〉的通知》(國稅發[1998]97號)的有關規定執行。投資者在被投資單位累計未分配利潤和累計盈余公積中的份額，應當確認為投資者的股利。為避免對稅後利潤重復征稅，影響企業重組活動，允許上述股息收入在計算投資者股權轉讓收入時，從轉讓收入中扣除；
(3)根據《中華人民共和國國家稅務總局關於所得稅問題的通知》(國稅發[2003]45號)第三條規定，企業已計提減值、折舊或壞賬準備的資產，在相關準備申報納稅時已增加應納稅所得額的，應允許轉讓、處置相關資產所核銷的相關準備進行相反的納稅調整。因此，企業清算或轉讓子公司(或獨立核算的分支機構)全部股權時，被清算或被轉讓企業應根據以往應納稅所得額壞賬準備等資產減值準備的金額，減少應納稅所得額，增加未分配利潤，轉讓方(或投資方)應根據享有的權益份額確認為股利收入。