根據《中華人民共和國直轄市國家稅務局關於貨物運輸業若幹稅收問題的通知》(國稅發〔2004〕88號)要求，按照收入性質分別核算收入，提供運輸服務取得的運輸收入開具貨物運輸業發票，按照“運輸業”稅目繳納營業稅；對提供其他服務取得的收入開具服務業發票，並按“服務業”稅目繳納營業稅；未按規定單獨核算應納稅所得額的，應按“服務業”稅目繳納營業稅。這樣，以自開票運輸為主要稅收政策的物流企業營業稅按3%的稅率執行。但有些企業因為自有運輸工具產權存在壹些問題，達不到自開票納稅人的標準，行業認定為運輸代理，營業稅稅率執行5%。由此可見，兩者都是“物流企業”，但由於自身條件的原因，有些條件受到限制，執行的稅收政策也不盡相同。同壹行業執行稅率不同，導致稅收不公平。
二、現代物流企業稅收政策分析
由於物流業的經營範圍融合了幾個傳統行業，稅收政策的模糊性和不可操作性導致多環節重復征稅現象，成為制約物流業發展的瓶頸。因此，為促進現代物流業發展，解決物流企業反映的稅收問題，提升物流企業競爭力，國家稅務總局發布了《關於試點物流企業稅收政策的通知》(國稅發〔2005〕208號)，規定自2006年6月65438+10月1日起，對全國37家試點物流企業營業稅政策進行調整，已認定為自開票。對這些企業來說是利好消息，但卻導致同行業稅收政策的不公平，制約了中小物流企業的發展。而且，試點物流企業出臺的稅收政策還存在壹些局限和不足。
(1)物流企業的收入包括運輸、倉儲和其他收入。如果對取得的收入單獨核算，雖然解決了重復征稅的問題，但收入不能壹起開發票收取價款，造成壹單生意多票；不單獨結算，就享受不到政策規定的稅收優惠，存在重復征稅。這將極大地影響既有運輸業務又有倉儲業務和其他業務的企業的經營活動。
(2)這壹規定也為物流企業和接受物流企業服務的納稅人留下了稅收籌劃的空間。由於物流企業既提供運輸服務又提供倉儲服務，可以在合理範圍內擴大運輸收入，減少倉儲收入，既降低了轉換運輸倉儲收入2%的稅率，又提高了發票領用單位的運費增值稅進項抵扣額。
三、針對上述情況，談談對稅收管理的壹些看法:
(1)現代物流業提供集運輸、倉儲、裝卸、加工、分揀、配送、信息於壹體的多功能綜合服務，因此運輸工具和倉儲設施是現代物流企業必不可少的基本經營工具。稅務機關在實際工作中要準確理解物流企業的定義，不要因為企業名稱中有“物流”二字就簡單認定為物流企業。同時，壹些不以物流命名的企業也可能是真正的物流企業。
(二)讓物流企業真正享受到應該享受的稅收政策。盡快出臺物流企業普遍可以享受的稅收政策，增設物流企業專用發票。當“物流企業”轉型或發展成為真正的現代物流企業時，所有物流企業都可以充分享受物流企業的稅收政策，給予其公平競爭的稅收環境。
(三)稅務機關要嚴格按照《國家稅務總局關於貨物運輸業若幹稅收問題的通知》的有關規定，做好自開票企業的認定和審核工作，做好發票管理、稅收征管、數據傳輸、數據比對等日常稅收征管工作。為創造公平的稅收環境提供良好的基礎。