總機構應當按照企業所得稅的有關規定進行納稅申報，正確計算各項收入、成本、費用以及應納稅所得額和應納稅額。經稅務機關批準提取的總機構管理費，不得直接從總機構費用中扣除，而應全額填入年度企業所得稅申報表的其他收入欄，並在附表中註明提取的管理費收入金額。主管稅務機關應認真審核和檢查總機構提取管理費的收支核算和納稅申報情況。凡違反稅收有關規定的，應責令改正，並按稅收征管法及其他稅收規定進行處理。主管稅務機關應加強對分攤總機構管理費的下屬企業的管理和檢查。分享總機構管理費的下屬企業在申報納稅時，應附上有管理費審批權的稅務機關的批準文件。未經稅務機關批準或無法提供有管理費審批權的稅務機關批準文件的，其分攤的總機構管理費不得在稅前扣除。
法律依據:
中華人民共和國企業所得稅法實施條例
第二十七條企業所得稅法第八條所稱相關支出，是指與收入直接相關的支出。
企業所得稅法第八條所說的合理支出，是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者相關資產成本的必要的、正常的支出。
第二十八條企業發生的支出，應當區分收益性支出和資本性支出。收入支出直接在當期扣除；資本性支出應當分期扣除或者計入相關資產成本，不得在當期直接扣除。
第四十條企業發生的職工福利費，不超過工資總額的65，438+04%的，準予扣除。
第四十壹條企業按工資總額不超過2%的比例撥交的工會經費，應當扣除。
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