第壹次申報後，如果發現少繳稅款，需要進行補充申報(第二次申報)。流程如下:
打開防偽稅控系統第壹界面:有三個復選框:系統管理、系統進入、系統退出。系統管理主要是查看企業名稱、稅號、開票機號等信息，這些信息在安裝時已經錄入，不可更改。
進入系統後，選擇操作員，最好是管理員(最高權限)。進入系統後，我們可以看到有四個模塊:系統設置、發票管理、報稅、系統維護。
首先，讓我們看看在系統設置下我們需要做什麽:
1.在稅務信息中，我們可以查看企業的基本信息(包括營業地址、電話、開戶銀行)，如有錯誤可以自行修改。
2.第壹次安裝系統時總是需要初始化和初始化，否則不需要操作。
3.企業客戶的信息設置在客戶代碼中，開票時可以直接選擇。設置方法如下:打開後點擊左上角的編輯按鈕，右上角有“+”鍵增加壹行，有“-”號刪除壹行。要註意編碼設置，同壹目錄下的編碼長度必須壹致；除了地址、電話和銀行賬號，妳可以點擊打開評論編輯器，直接在框中輸入其他所有內容。
4.企業的商品信息設置在商品編碼中。這裏的設置方法同上，只是商品名稱和稅目必須輸入壹項，其他可以不填。
5.需要註意的是，系統中沒有保存按鈕，其保存方法是點擊編輯旁邊的退出按鈕。類別代碼、代碼導入和稅目更新壹般不需要。
2.在發票管理模塊下，主要用於發票的讀取、填寫、查詢和作廢。在發票填制界面，需要註意的是，客戶輸入可以從編碼庫中選擇，直接在開票界面輸入，但是商品輸入必須從商品編碼中選擇，不能直接在開票界面輸入。發票信息輸入後，註意在征稽處選擇對應的操作員。審核人不能與出票人相同。核實後點擊打印按鈕保存並打印。打印時註意紙號是否與電子號相同，密碼區域是否超出框等。只要點擊打印，發票就不能修改，有錯只能作廢，所以要特別小心。當月的票可以直接作廢，但是必須遵守誰開發票誰作廢的原則。跨月票只能用反對票沖抵，超過8行的商品必須開發票。
3.在報稅處理模塊下，主要是1-10的月報稅期間的壹些操作。1之後，如果要開發票，必須在報稅處理下進行抄稅處理，然後才能繼續開發票。接下來妳要在10之前把上個月的發票信息打印出來，和IC卡壹起去稅務局申報納稅，繳稅IC卡需要回來。如果您需要在編號10之後進行第二次納稅申報，請在開票系統中讀取納稅申報成功標誌後，在補充納稅申報處理模塊下進行操作。