(1)合理配置宏觀調控部門的職能。國家發改委要進壹步轉變職能，減少微觀管理事務和具體審批事項，集中精力進行宏觀調控。財政部要改革和完善預算和稅收征管，完善中央和地方財力與事權相匹配的體制，健全公共財政體系。中國人民銀行要進壹步完善貨幣政策體系，加強與金融監管部門的統籌協調，維護國家金融安全。國家發展改革委、財政部、人民銀行等部門要建立健全協調機制，形成更加完善的宏觀調控體系。
(2)加強能源管理機構。建立壹個高層次的審議和協調機構，即國家能源委員會。組建國家能源局，由國家發展和改革委員會管理。將國家發展改革委有關能源行業管理的職責、機構與國家能源領導小組辦公室、國防科工委核電管理的職責、機構整合，劃入我局。國家能源委員會辦公室的工作由國家能源局承擔。不再保留國家能源領導小組及其辦公室。
(三)組建工業和信息化部。將國家發展改革委工業管理相關職責、國防科學技術工業委員會核電管理以外的職責、信息產業部和國務院新聞辦公室的職責整合到工業和信息化部。設立國家國防科學技術工業局，由工業和信息化部管理。國家煙草專賣局改為工業和信息化部。不再保留國防科學技術工業委員會、信息產業部和國務院信息工作辦公室。
(4)成立交通運輸部。將交通部、中國民用航空總局、建設部指導城市客運的職責整合到交通運輸部。成立國家民航局，由交通運輸部管理。國家郵政局改為交通運輸部。保留鐵道部，繼續推進改革。不再保留交通部和中國民用航空總局。
(5)人力資源和社會保障部的形成。將人事部和勞動和社會保障部的職責劃入人力資源和社會保障部。設立國家公務員局，由人力資源和社會保障部管理。不再保留人事部和勞動和社會保障部。
(6)組建環境保護部。不再保留國家環境保護總局。
(7)成立住房和城鄉建設部。不再保留建設部。
(8)國家美國食品藥品監督管理局由衛生部管理。明確衛生部負責食品安全綜合協調，組織重大食品安全事故的調查處理。
改革後，除國務院辦公廳外，國務院由以下部門組成:
1.中華人民共和國外交部
2.中華人民共和國國防部
3.中華人民共和國國家發展和改革委員會
4.中華人民共和國教育部
5.中華人民共和國科學技術部
6.中華人民共和國工業和信息化部
7.中華人民共和國國家民族事務委員會
8.中華人民共和國公安部
9.中華人民共和國國家安全部
10.中華人民共和國監察部
11.中華人民共和國和中華人民共和國民政部
12.中華人民共和國司法部
13.中華人民共和國財政部
14.中華人民共和國人力資源和社會保障部
15.中華人民共和國國土資源部
16.中華人民共和國環境保護部
17.中華人民共和國住房和城鄉建設部
18.中華人民共和國交通部
19.中華人民共和國和中國鐵道部
20.中華人民共和國和水利部
21.中華人民共和國和農業部
22.中華人民共和國商務部
23.中華人民共和國文化部
24.中華人民共和國衛生部
25.中華人民共和國人口和計劃生育委員會
26.中國人民銀行
27.中華人民共和國審計局
根據國務院組織法，國務院組成部門的調整和設立由全國人民代表大會審查批準。國務院其他機構的調整和設置，由新組成的國務院審批。