國家稅務局系統的機構設置為四級，即：國家稅務總局，省（自治區、直轄市）國家稅務局，地(市、州、盟) 國家稅務局，縣(市、旗) 國家稅務局，截至2005 年底，全國稅務系統正式在職人員***有74.7萬人，其中，國稅系統40萬人。
國家稅務總局對全國國稅系統實行垂直管理，協同省級人民政府對省級地方稅務局實行雙重領導。
國家稅務總局設13個內設機構（正司局級）：
（壹）辦公廳
負責機關文電、機要、會務、檔案、信訪、保密和保衛等工作；承擔稅務宣傳、政務公開和新聞發布工作；管理機關財務和其他行政事務。
（二）政策法規司
起草稅收法律法規草案、部門規章及規範性文件；研究提出稅制改革建議；擬訂稅收業務的規章制度；研究、承辦涉及世貿組織有關稅收事項；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承辦稅務行政復議、行政應訟工作。
（三）貨物和勞務稅司
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅等（不含海關代征的）征收管理工作，組織實施出口退稅管理工作。
（四）所得稅司
組織實施企業所得稅、個人所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作。
（五）財產和行為稅司
組織實施財產與行為各稅種及教育費附加等稅收業務管理，指導財產與行為各稅種及教育費附加的征管業務。
（六）國際稅務司
研究擬訂國家（地區）間反避稅措施，組織實施反避稅調查；參加國家（地區）間稅收協議、協定談判，承辦草簽和執行有關協議、協定等工作；承辦與國際機構、國家（地區）間稅務機關的合作與交流業務；管理總局機關和國稅系統外事工作。
（七）收入規劃核算司
編制稅收收入中長期規劃，編制年度稅收任務、出口退稅指標；參與起草稅款征繳退庫制度，監督檢查稅款繳、退庫情況；承辦稅收收入的分析、預測和重點稅源監控管理工作；擬訂稅收收入規劃和稅收會計、統計等相關制度；管理稅收數據；組織實施稅收統計工作。
（八）納稅服務司
組織實施納稅服務體系建設；擬訂納稅服務工作規範和操作規程；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；起草註冊稅務師管理政策，並監督實施。
（九）征管和科技發展司（大企業稅收管理司）
起草綜合性稅收征管規範性文件；擬訂稅收征收管理的長期規劃和綜合性方案；管理稅收發票和票證；擬訂和組織實施稅收管理信息化的總體規劃和實施方案，承辦稅收管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合管理工作；承擔對大型企業提供納稅服務工作，實施稅源監控和管理，開展納稅評估，組織實施反避稅調查與審計；指導海洋石油稅收業務。
（十）稽查局
起草稅務稽查法律法規草案、部門規章及規範性文件；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項並提出處理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作。
（十壹）財務管理司
擬訂國稅系統財務、基建管理辦法；管理國稅系統的經費、財務、裝備、固定資產；審核匯編國稅系統的財務預決算；辦理各項經費的領撥。
（十二）督察內審司
組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查；承辦國稅系統財務、基建、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作。
（十三）人事司
擬訂國稅系統人事制度並組織實施；管理國稅系統的人事、機構編制工作，對省級地方稅務局局長的任免提出意見；組織實施稅務系統思想政治工作和精神文明建設。