1949年3月，瓊崖少數民族自治區行政委員會成立。1951 1年6月，瓊崖少數民族自治區行政委員會撤銷。7月1952，海南黎族苗族自治區人民政府成立。自治區政府下設秘書室、民政廳、財政廳、農林廳、文教廳、工商廳、衛生廳7個單位，工作人員131(含人民法院)。
從1953到1954，增加了經委、財委、計劃司、統計司、合作指導司、商務廳、工業廳、交通廳、人事廳、稅務局、糧食局、郵電局、中心支公司、公安廳。農林司被撤銷，分為農業司、林業司、水利司、水產司。人員編制為178。
1955年6月，根據《中華人民共和國地方各級人民委員會組織法》的規定，成立海南黎族苗族自治州人民委員會，海南黎族苗族自治區人民政府自然撤銷。
1956，州人民委員會設立辦公室，包括人事、政法、民政、工業交通、工業、勞動管理、手工業管理、市政建設、交通、農業、林業、農業、畜牧、亞熱帶經濟作物、移民安置、林業、水利、水產、金融、糧貿等等。
1957，工業司、交通司、手工業管理司並入工交局；農業、亞熱帶經濟作物、畜牧水產並入農業局；撤銷水利部，成立水利局；財政廳和稅務局合並為財稅局；文化科和教育科並入文化教育局；民政部門、移民墾殖部門、勞動管理部門並入民政局。撤銷工業交通、農林水、財政、糧食貿易、文教衛生、政法5個辦公室，行政編制縮減至220人。後來增加了物價部門。
1958，物價部門並入計委，體委並入文教局，民政局納入老區建委。撤銷工業和交通局，分別設立工業局和交通局，增設勞動局、畜牧局、發展局、外貿局和移民局。監察廳、公安廳分別更名為監察局、公安局，行政編制精簡為186。
1958 65438+2月，海南黎族苗族自治州人民委員會遷至海口市和海南行政公署合署辦公(國務院3月20日正式通知1959)，內有壹個班子，外有兩塊牌子。1961年11月，海南黎族苗族自治州恢復，州人民委員會遷回銅石鎮辦公。工作機構30個:州人民委員會辦公室、勞動局、工業局、農業局、畜牧局、林業局、外貿局、公安局、經委、農林水辦、財貿辦、交通局、水電局、廣播站、財政局、稅務局、文化局、教育局、苗工委、住建委、統計局、手工業局、物資局等。後來又增設了建築工程局(以下簡稱建設局)。
1964，新增工商行政管理局、民用運輸管理局、農機局、教衛處。當年7月，住建委、建設局、銅石鎮建委合並為住房市建委。1965 1月，添加了科委。9月，1966，增加墾區局。
1966年下半年，自治州發動了“文化大革命”。州政府機構遭到叛軍打擊，機構癱瘓。1967年3月25日，根據海南省軍事管制委員會的命令，成立海南黎族苗族自治州軍事管制委員會，對全州黨政工作實行統壹領導。州軍事管理委員會下設生產委員會，行使州人民委員會的職權。
1968年4月6日，廣東省革命委員會批準成立海南黎族苗族自治州革命委員會，對全州黨政工作實行統壹領導。國家武術委員會及其生產委員會自然被取消。國家革命委員會下設辦公室、政治部和生產指揮部。16年2月，成立了辦公室組、政工組、生產組、安全組和16服務站。州革委會生產隊主管農林水牧、水產、工業生產、農業機械、機械物資供應、交通運輸、商業供銷、糧油、金融、人民衛生等10個服務站。1969年8月，所有服務站撤銷，生產隊設秘書、計劃、農業、農機、交通、工業、財貿、衛生八個辦公室。1971年7月，撤銷秘書、計劃、農業、農機、財貿五個辦公室，設立政工、戰備、民政、科研、計劃統計、農林、水電、商業、糧油、財稅、國土規劃等11辦公室。
1972至65438+2月，上述辦公室全部撤銷，新設農林水辦公室、工商所、財貿所、科教所、計委、政法委。農林水辦分管農業局、林業局、水產局、水電局；工交所分管輕工業局、二輕工業局、農機局、公路交通局、郵電局、電信局；財貿辦分管商務局、糧食局、財稅局(後改為財政局)、人民銀行、建設銀行；科教辦分管教育局、衛生局、科技局、體委；計委主管勞動局和建設局。
1973年6月，撤銷州革委會生產組、政工組、保衛組。8月，上述三個團的辦公室被撤銷，原生產團的委、辦、局(後加外辦、文化局)改為國家革命委員會下屬機構。
1974，工商行政管理局成立，與商務局合署辦公；撤銷公路運輸局，成立公路局和汽車運輸公司。
6月1975，供銷合作社成立。65438年2月，國家革命委員會辦公室被廢除。改為國家革命委員會辦公室
1976成立地震辦公室，外事辦公室改為外事辦公室。
1978，熱帶作物局成立；成立社隊企業管理局，與二輕工業局合署辦公；地震辦公室改為地震局。
1979成立畜牧局；成立稅務局和外貿局，分別與財政局和外貿公司合署辦公；設立科學技術委員會、文教辦公室，撤銷科教辦公室和科技局；社隊企業管理局和二輕工業局分開設置；調整原計劃委員會，分別設立計劃委員會、經濟委員會和基本建設委員會。
1980撤銷基建局，成立統計局、物價局、人事局、司法局、醫藥生產供應公司、氣象局、檔案局、僑辦，其中氣象局、檔案局、僑辦分別與氣象臺、檔案局、外辦合署辦公；工商局和商業局分開工作，財政局和稅務局分開工作。
1982年8月9日，黨政分開，成立海南黎族苗族自治州人民政府，撤銷州革命委員會。
1983州政府設32個工作部門:州政府辦公室、計委、經委、外經委、科委、統計局、物價局、城鄉建設和環境保護局、交通局、農業局、畜牧局、林業局、水利電力局、水產局、財政局、稅務局、審計局、工商行政管理局、商務局等。行政編制由1518降為1201。
從1984到1986，先後增加了民族事務委員會、人防辦、建委、環保局、地方誌編纂委員會辦公室、財貿辦、二輕工業局、國土局、鄉鎮企業管理局、公路局等10個工作部門，撤銷了城鄉建設環保局。
1987 18年2月18、自治州第七屆人民代表大會第二次會議召開，貫徹中央、國務院關於設立海南省及其籌備工作的通知精神，自治州人民代表大會宣告結束。州政府及其工作機構隨後於1987 12 31撤銷。