1、賬務處理可參照《農民專業合作社財務會計制度》的相關規定。
2、稅務處理方面主要是根據財稅〔2008〕81號《財政部 國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》的規定進行處理，在國稅機關辦理稅務登記及相關事宜。
具體情況介紹：
壹、增值稅。根據財稅[2008]81號文件規定，對農民專業合作社要弄清楚以下幾項稅收政策：
1、對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。這裏有壹個條件，農業產品必須是"本社成員生產的"，否則就不能享受免征增值稅優惠。
2、增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。這裏明確購進的是農民專業合作社的"免稅農業產品"，其他農業產品或商品則必須按照現行政策規定計算抵扣。因此，對農民專業合作社銷售給增值稅壹般納稅人的其他農業產品則要考慮稅收問題。
3、對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。這裏規定的是"向本社成員"銷售上述六種商品，才可以享受免征增值稅，否則不能享受免征優惠。因此，在實際經營中既要把握好銷售對象又要把握好規定的商品品目。
4、視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅政策依據。《中華人民***和國增值稅暫行條例》(以下簡稱《增值稅暫行條例》)第十六條規定，農業生產者銷售的自產農業產品免征增值稅。財政部國家稅務總局《關於印發〈農業產品征稅範圍註釋〉的通知》(財稅[1995]52號)對"自產農業產品"做了規定：《增值稅暫行條例》第十六條所列免稅項目的第壹項所稱的"農業生產者銷售的自產農業產品"，是指直接從事植物的種植、收割和動物的飼養、捕撈的單位和個人銷售的註釋所列的自產農業產品。對農民專業合作社銷售的外購的農業產品，以及外購農業產品生產、加工後銷售的仍然屬於註釋所列的農業產品，不屬於免稅的範圍，應當按照規定稅率征收增值稅。
二、營業稅
1、《中華人民***和國營業稅暫行條例》第六條規定，農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、水生動物的配種和疾病防治項目免征營業稅。
2、國家稅務總局《關於林木銷售和管護征收流轉稅問題的通知》(國稅函[2008]212號)規定，納稅人單獨提供林木管護勞務行為的收入中，屬於提供農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保勞務取得的收入，免征營業稅。
3、財政部、國家稅務總局《關於對若幹項目免征營業稅的通知》(財稅字[1994]2號)規定，將土地使用權轉讓給農業生產者用於農業生產，免征營業稅。《農民專業合作社法》第五十二條規定：農民專業合作社享受國家規定的對農業生產、加工、流通、服務和其他涉農經濟活動相應的稅收優惠。換言之，對農民專業合作社從事上述勞務取得的收入，免征營業稅。
三、企業所得稅。《中華人民***和國企業所得稅法》(以下簡稱《企業所得稅法》)第二十七條規定，從事農、林、牧、漁業項目的所得可以免征、減征企業所得稅。企業所得稅法實施條例則進壹步明確了減免企業所得稅的項目，包括：
1、企業從事蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植，農作物新品種的選育，中藥材的種植，林木的培育和種植，牲畜、家禽的飼養，林產品的采集，灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目，遠洋捕撈項目的所得，免征企業所得稅。
2、企業從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植，海水養殖、內陸養殖項目的所得，減半征收企業所得稅。