財政、審計部門和銀行應按各自職責對工資基金進行監督。第五條工資基金管理應與職工人數和工資總額計劃的管理範圍相壹致。
各級人事部門根據上壹級人事部門下達的工資總額計劃，編制本級機關事業單位工資總額計劃，逐級分解下達到機關事業單位，載入《機關事業單位工資基金管理手冊》。第六條機關事業單位必須持《機關事業單位工資基金管理手冊》到同級人事部門辦理工資基金使用審批手續，審批時限如下:
(壹)機關和財政全額撥款的事業單位(含無補貼的政策性收費機構)每三個月申報壹次；
(二)財政補助機構每半年申報壹次；
(三)補零的機構應當每十二個月報告壹次。
機關事業單位職工人數、工資總額或者隸屬關系發生變化的，應當自變化之日起30日內重新申報。第七條機關、事業單位支付給職工的工資，不得超過人事部門下達的工資總額計劃。
機關事業單位因特殊情況需要追加工資總額計劃時，應當填寫《機關事業單位工資總額計劃申請表》，按照工資總額計劃管理程序逐級上報省級人事部門。省人事部門應當自收到機關事業單位補充工資總額計劃申請表之日起三十日內審核完畢。
經人事部門審核批準的工資總額計劃結余可結轉使用。第八條機關、事業單位只能在銀行設立壹個工資基金專用賬戶。第九條機關、事業單位必須憑《機關、事業單位工資基金管理手冊》提取工資基金。未提交《機關事業單位工資基金管理手冊》的，銀行有權拒付。第十條機關事業單位應當以《機關事業單位工資基金管理手冊》所列職工人數和工資總額作為年度統計報表的基礎。第十壹條違反本條例第六條、第八條規定的，責令限期改正；逾期不改正的，處以500元以上1000元以下罰款。第十二條違反本條例第七條第壹款規定的，處以五百元以上壹千元以下罰款，並將超過規定支出部分在下壹季度工資基金中扣除；情節嚴重的，可以建議有關部門對直接負責的主管人員和直接責任人員給予行政處分。第十三條人事部門工作人員濫用職權、徇私舞弊或者不按規定辦理審批手續的，由其所在單位或者上級主管部門給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。第十四條對機關、事業單位的罰款從自有資金中支付。第十五條財政撥款的社會組織按照本規定執行。第十六條本規定自發布之日起施行。