(壹)從省級政府性基金和行政事業性收費中提取百分之三。應從水利建設基金中提取的政府性基金和行政事業性收費包括車輛通行費和征地管理費。其中，合資建設的收費公路，按應交省車輛通行費收入的3%提取水利建設基金；
(二)省級人民政府按照規定從中央到地方的成品油價格和稅費改革轉移支付資金；
(三)省級水行政主管部門從國家和省投資建設的水利工程水費電費收入中按以下比例提取的收入:農業水費收入5%，城市水費收入12%，工業用水、循環水和自來水費收入17%，水力發電費收入10%；
(四)國家和省人民政府規定列入水利建設基金的其他資金。第五條設區的市水利建設基金來源:
(壹)從設區的市級政府基金和行政事業性收費中提取百分之三。應從水利建設基金中提取的政府性基金和行政事業性收費包括:車輛通行費、城市基礎設施配套費、征地管理費。其中，合資建設的收費公路，按設區市車輛通行費收入的3%從水利建設基金中提取；
(2)有重點防洪任務、水資源嚴重短缺的城市，應安排不低於15%的城市維護建設稅用於城市防洪和水資源配置工程。具體比例由省財政部門會同水行政主管部門提出，報省人民政府確定。有重點防洪任務、水資源嚴重短缺的城市，由省水行政主管部門會同住房和城鄉建設部門提出，報省人民政府確定；
(三)國家和省、設區的市人民政府規定列入水利建設基金的其他資金。第六條各級財政部門應按規定的項目和比例定期劃轉水利建設資金；各級水行政主管部門從國家和省投資建設的水利工程水電收費收入中提取的水利建設資金，應當及時上繳同級財政。第七條水利建設基金的使用範圍包括:
(壹)省級水利建設基金主要用於:省確定的重點水資源配置項目；全省主要江河、湖泊、窪地的治理；病險水庫加固；國家確定的蓄滯洪區的安全建設；建設由省管理的防汛通信系統；水土流失防治重點工程建設；農村水利水電工程建設；水利工程的維修和改造；防洪和緊急防洪；省人民政府批準的其他水利工程；
(二)市級水利建設基金主要用於:設區的市級重點水資源配置工程建設項目；城市防洪設施和區域內河流、湖泊、窪地的建設、維護和治理，病險水庫除險加固；水土流失防治工程建設；農村水利水電工程建設；水利工程的維修和改造；防洪和緊急防洪；經設區的市人民政府批準的其他水利工程；
(三)跨流域、跨省的重大水利建設項目資金由省承擔，跨設區的市的重大水利建設項目資金由省和有關設區的市承擔。第八條水利建設基金收支納入政府性基金預算管理，實行專款專用，年終結余可結轉下壹年度使用。其中，用於固定資產投資項目的，應當納入固定資產投資計劃。
各級財政部門負責水利建設基金的劃撥、征收和資金管理。各級水行政主管部門商同級財政部門提出水利建設資金支出計劃(項目)，納入固定資產投資計劃的項目還應商同級發展改革部門，並按財政部門要求編制水利建設資金預決算。第九條水利建設基金按照籌集來源，由下列單位籌集:從納入預算管理的政府性基金和行政事業性收費中提取的，從中央對地方成品油價格和稅費改革轉移支付資金中撥付的，在財政預算中安排的，由各級財政部門直接劃轉；水利工程水費、電費由各級水行政主管部門征收或委托稅務機關征收。
省級水利建設基金收入，由省財政廳、省水行政主管部門按職責分工負責組織征收和稽查。