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菏澤市醫療保障局是菏澤市機構改革設置的新部門，為菏澤市人民政府工作部門。
（壹）負責擬訂全市醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的政策、規劃、標準並組織實施。
（二）負責制訂全市醫療保險費征繳和轉移接續、個人賬戶劃轉辦法並監督執行。
（三）監督管理全市醫療保障基金，建立健全醫療保障基金安全防控機制，推進醫療保障基金支付方式改革。
（四）組織制定全市醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。健全完善大病保險制度，推進長期護理保險制度改革。
（五）組織制定城鄉統統壹的藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。
（六）組織制定全市藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費標準等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。
（七）制定全市藥品、大型醫療設備和醫用耗材的招標采購政策並監督實施，指導藥品、醫用耗材集中采購平臺建設。
（八）制定全市定點醫藥機構協議和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保範圍內的醫療服務行為和醫療費用，規範醫保經辦業務，依法查處醫療保障領域違法違規行。
（九）負責全市醫療保障經辦管理、公***服務體系和信息化建設，組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。開展醫療保障領域對外合作交流。
（十）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十壹）職能轉變。按照黨中央、國務院關於轉變政府職能、深化放管服改革的決策部署，認真落實省委、省政府和市委、市政府深化“壹次辦好”改革的要求，組織推進本系統轉變政府職能，完善全市統壹的城鄉居居民基本醫療保險和大病保險制度，完善醫保籌資和報銷調整機制，推行按病種付費為主的復合型支付方式，建立健全覆蓋全民城鄉統籌的多層次醫療保障體系，確保醫保資金合理使用、安全可控，按照職責分工推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障人民群眾就醫需求、減輕醫藥費用負擔。
（十二）與市衛生健康委的有關職責分工。 市衛生健康委、市醫保局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。