答：增值稅專用發票開具紅字發票的申請流程分為三步：紅字信息表填開、接收校驗通過信息表、銷售方開具紅字發票。納稅人可以通過金稅盤或稅控盤兩種開票系統進行申請操作。
第壹步：填開並上傳《增值稅專用發票紅字信息表》 兩種申請方式：購買方申請和銷售方申請。
1、購買方申請 (1)購買方取得專票已抵扣情形： 購買方在增值稅發票管理新系統中填開並上傳《紅字信息表》，在填開《紅字信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。 購買方在當期申報時依據《紅字信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票後，與《紅字信息表》壹並作為記賬憑證。 註意：購買方已經抵扣進項發票的選擇已抵扣;購買方於非申報期已認證通過但是未申報抵扣進項發票的，依然是選擇已抵扣，待申報期時需要申報抵扣該筆進項稅額。
(2)購買方取得專票未申報抵扣情形： 購買方取得專用發票未申報抵扣，且發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方可在開票系統中填開並上傳《紅字信息表》，填開《紅字信息表》時應填寫對應的藍字專用發票信息。 註意：購買方未申報抵扣進項發票的選擇未抵扣。
2、銷售方申請 銷售方開具專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用於申報抵扣並將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在開票系統中填開並上傳《紅字信息表》，銷售方填開《紅字信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
第二步：接收校驗通過信息表 主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《紅字信息表》，系統自動校驗通過後，生成帶有“紅字發票信息表編碼”的《紅字信息表》，並將信息同步至納稅人端系統中。 納稅人也可憑《紅字信息表》電子發票信息或紙質資料到稅務機關對《紅字信息表》內容進行系統校驗。 特別提醒：填錯的信息表未上傳時，可直接在開票系統中作廢;壹旦上傳成功，納稅人端便不能修改或撤銷。應憑已開具《開具紅字增值稅專用發票信息表》全部聯次和《作廢紅字發票信息表申請表》(加蓋公章)到辦稅服務廳辦理信息表的作廢。
第三步：開具紅字專用發票 銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《紅字信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具，紅字專用發票應與《紅字信息表》壹壹對應。
特別提醒：沒有上傳成功的信息表可以重復進行上傳，上傳成功也審核通過的信息表，沒有開具負數發票的前提下可以重新下載。