縣級以上財政、物價、審計部門應當根據各自的職責，加強對排汙費征收和使用的指導、管理和監督。第四條環境保護行政主管部門和地方稅務機關應當建立排汙費核定征收的文書送達和工作聯系制度，確保排汙費核定征收工作的順利進行。第五條征收排汙費許可證由縣級以上環境保護行政主管部門按照《收費許可證管理辦法》的規定向同級物價部門申請，並抄送同級地方稅務機關。第六條排汙費的核定和征收實行公示制度。縣級以上環境保護行政主管部門和地方稅務機關應當按季度公布排汙者核定和實際收取的排汙費數額。第七條排汙者應當於每月或者季度初3日內向縣級以上環境保護行政主管部門申報當月或者季度排放汙染物的種類、數量和濃度，填寫排汙申報登記表，提供有關資料。第八條排汙者申報登記後，排放汙染物的種類、數量、濃度、排放去向、排放方式、排放口設施和汙染防治設施需要變更或者調整的，應當在變更前15日內辦理變更申報手續，並填寫《排放變更申報登記表》。排汙情況發生緊急變化時，必須在變化後3日內上報。第九條新建、擴建、改建和技術改造項目，應當在項目試生產前3個月內辦理排汙申報登記手續。
在城鎮以上城市產生建築施工噪聲的單位，必須在開工前15天內辦理排汙申報登記手續，填寫《建築工地排汙申報登記表》。第十條縣級以上環境保護行政主管部門按照國務院環境保護行政主管部門規定的核定權限，按月或者按季度核定排汙者排放汙染物的種類和數量，並在接到排汙申報的次月或者季度起10日內完成核定。
裝機容量30萬千瓦以上的火電企業排放汙染物的種類和數量，由省級環境保護行政主管部門核定。第十壹條向大氣排放二氧化硫的排汙者應當安裝而未安裝在線監測設備，或者安裝了在線監測設備而未正常使用的。根據不使用在線監測設備的時間，二氧化硫排放量應按脫硫量核定。
直接排放汙水的排汙者應當安裝而未安裝在線監控設備，或者安裝在線監控設備而未正常使用的。根據不使用在線監測設備的時間，按照監督監測或物料平衡法計算的最高值核定排汙量。第十二條向城市汙水集中處理設施排放汙水並按照規定繳納汙水處理費的，不征收汙水排汙費，但排放的汙水不得超過城市汙水集中處理設施的驗收標準。第十三條環境保護行政主管部門核定排汙種類和數量後，應當向排汙者發出排汙費核定通知書。排汙者對核定的汙染物種類和數量有異議的，可以在收到《排汙費核定通知書》之日起7日內，向發出通知書的環境保護行政主管部門申請復核；環境保護行政主管部門應當自收到復核申請之日起10日內作出復核決定。第十四條環境保護行政主管部門應當在復審期滿或者作出復審決定後5日內，將排汙者簽署的《排汙費核定通知書》轉交同級地方稅務機關。
地方稅務機關應當自收到環境保護行政主管部門送達的《排汙費征收核準通知書》之日起五日內，將《排汙費繳納通知書》送達排汙者。
排汙者應當自收到繳納排汙費通知書之日起7日內，向指定的商業銀行足額繳納排汙費。第十五條商業銀行應當在收到排汙費的當天將排汙費繳入國庫。國庫部門負責在10日內將中央預算收入的10%、省級預算收入的15%、地方預算收入的75%分別繳入中央國庫、省級國庫和地方國庫，作為中央、省級和地方環保專項資金管理。
裝機容量30萬千瓦以上的火電企業排汙費由省地方稅務機關和省社保征收局負責征收。按照10%作為中央預算收入，90%作為省級預算收入，分別繳入中央國庫和省級國庫。第十六條地方稅務機關在征收排汙費時使用省財政廳印制的《湖北省非稅收入壹般繳款書》。第十七條排汙費列入財政預算，納入環境保護專項資金管理，主要用於下列項目的補助或貸款貼息:
(壹)重點汙染源防治；
(2)區域汙染防治；
(三)汙染防治新技術、新工藝的開發、示範和應用；
(四)監測、信息、監督、監測、教育、環境研究等能力建設；
(五)國務院和省人民政府規定的其他汙染防治項目。