1994年全國實施稅制改革和機構改革，湖南省稅務機構壹分為二，於1994年8月15日成立湖南省國家稅務局和湖南省地方稅務局，兩局均為正廳級單位。分設後的湖南省國稅局***轄14個地州市國家稅務局，2所學校（湖南稅務高等專科學校、湖南省稅務幹部中等專業學校），140個縣市分局，956個稅務所。1994年12月，湖南省稅務幹部中等專業學校成建制移交省人事廳組建湖南行政學院。
1995年3月，省局根據總局對《湖南省國家稅務局職能配置、內設機構和人員編制實施方案》的批復精神，按照“精簡、統壹、效能”的原則，開展“三定”工作。設立處室23個，其中行政處室12個：辦公室、政策法規處、稅政管理壹處、稅政管理二處、稅政管理三處、征收管理處、計劃財務處、票證管理處、人事處、離退休人員管理處、宣傳教育處、監察審計室。處級直屬（分）局3個：涉外稅務分局、進出口稅收管理分局、稅務稽查局。處級直屬事業單位5個：信息中心、服務中心、稅收科學研究所、稅務報刊社、正大稅務師事務所。黨群單位3個：紀律檢查組、機關黨委、工會，為提高機關效能，便於統壹管理，省局將5個單位分別與有關處室合署辦公，實行壹套班子，兩塊牌子，統壹管理。即：科研所與辦公室、票證管理處與征收管理處、離退休人員管理處與人事處、紀檢組與監察室、工會與機關黨委合署辦公。
1995年8月，省局根據國稅系統稅收征管範圍的調整和省委、省政府部署的撤區並鄉建鎮改革，在全省各縣市區局實行撤銷稅務所建立征收分局的改革，至1996年7月全面完成改革。***撤銷稅務所864個，成立征收分局586個，新審批26個稅務所，基層單位減少252個。
1997年9月，省局根據總局關於稅務機構的調整意見，省局對機關內設機構進行了精簡，省局機關行政處室、直屬機構、事業單位由原來的23個精簡為17個。其中行政處室9個：辦公室、政策法規處、流轉稅管理處、所得稅管理處、征收管理處、計劃財務處、人事教育處、思想政治工作處、監察審計室。直屬分局3個：稽查局、涉外稅收管理分局、進出口稅收管理分局。事業單位5個：信息中心、機關服務中心、稅收科學研究所、湖南稅務報社、湖南大信會計師事務所。同時，規範了市州、縣市分局的內設機構；並對年稅收在100萬元以下的農村征收分局原則上予以撤並，撤銷各縣市城關、城郊征收分局，縣市局直接征收，通過調整，全省征收分局撤並為459個，稅務所122個。
2000年11月，根據《國家稅務系統機構改革方案》及總局對湖南省國稅局機構改革的批復精神，省局機關處室調整為18個，其中行政處室9個：辦公室、政策法規處、流轉稅管理處、所得稅管理處、征收管理處、計劃財務處、人事處、教育處、監察室。直屬分局3個：稽查局、進出口稅收管理分局、涉外稅收管理分局；另設機關黨委辦公室、離退休幹部管理辦公室。事業單位6個：機關服務中心、信息中心、稅收科學研究所、稅務雜誌社、註冊稅務師管理中心、機關招待所。同時，根據新壹輪征管改革的要求，按照集中征收、屬地管理的原則，對各級國稅局機構進行了調整和統壹規範。全系統縣市區分局由原來135個減少為133個；基層稅務所（分局）由原來的591個撤並為425個稅務所，減少166個，減少28%。
2004年12月，根據總局關於進壹步規範國家稅務局系統機構設置明確職責分工的意見，以及總局對湖南省國稅局進壹步規範機構設置明確職責分工方案的批復精神，省局機關內設行政處室12個：辦公室、政策法規處、流轉稅管理處、所得稅管理處、征收管理處、財務管理處、計劃統計處、進出口稅收管理處、國際稅務管理處、人事處、教育處、監察室；另設機關黨委辦公室、離退休幹部管理辦公室。直屬機構1個：稽查局。事業單位5個：機關服務中心、信息中心、稅收科學研究所、培訓中心、註冊稅務師管理中心。同時，對各級國稅局機構進行了調整和統壹規範。全系統縣市區局132個，市局直屬稅務分局2個；全省稅務所由原來的425個撤並為現在的181個稅務分局、32個稅務所，收縮面達50%。
2004年12月，按照總局統壹部署，與交通廳、人事廳等有關部門密切配合，完成了車購稅稽征業務人員劃轉移交接收工作。
到2005年底，湖南省國稅局下轄14個市州局，湖南稅務高等專科學校（長沙稅務培訓中心），133個縣（市）區局，213個稅務分局。