在匯算清繳時，根據納稅人全年的收入、扣除項目等因素計算得出應納稅額，如果該數額超過了已經預繳的個人所得稅，就需要進行補繳。補繳的金額為應納稅額減去已經預繳的個人所得稅。個人所得稅的預繳通常通過月度或季度代扣代繳的方式實現，已經預繳的個人所得稅可在所得稅匯算清繳時抵扣應納稅額。如果已預繳的個人所得稅額超過應納稅額，可以退稅；如果不足以抵扣應納稅額，則需要進行補繳。需要註意的是，個人所得稅的補繳也需要在所得稅匯算清繳的期限內完成，否則將會被視為欠稅行為，產生相應的稅務風險和法律後果。
如果個人所得稅的預繳稅額已經不足以覆蓋全年應納稅額，應該如何處理？如果已經預繳的個人所得稅不足以覆蓋全年應納稅額，則需要在匯算清繳時進行補繳。同時，在下壹納稅年度中也可以提前調整預繳稅額，避免再次出現應納稅額超過已預繳稅額的情況。
匯算清繳是壹種對納稅人應納稅額進行核算和清繳的操作，如果已經預繳的個人所得稅不足以覆蓋全年應納稅額，就需要進行補繳。在進行補繳時，需要遵守相關法律法規的規定，並註意填報數據的準確性和合法性，避免因此產生不必要的稅務風險和糾紛。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》 第八條 有下列情形之壹的，稅務機關有權按照合理方法進行納稅調整：
（壹）個人與其關聯方之間的業務往來不符合獨立交易原則而減少本人或者其關聯方應納稅額，且無正當理由；
（二）居民個人控制的，或者居民個人和居民企業***同控制的設立在實際稅負明顯偏低的國家（地區）的企業，無合理經營需要，對應當歸屬於居民個人的利潤不作分配或者減少分配；
（三）個人實施其他不具有合理商業目的的安排而獲取不當稅收利益。稅務機關依照前款規定作出納稅調整，需要補征稅款的，應當補征稅款，並依法加收利息。