新組建的中***濟寧市委、濟寧市人民政府根據《中***中央、國務院關於地市黨政機關機構改革若幹問題的通知》，本著精簡的原則，於1983年10月18日，向省委、省政府提交了關於組建省轄濟寧市市級機關機構改革方案的請示報告。同年10月29日，省委辦公廳批準了濟寧市市級黨政機關機構改革方案。市人民政府初設39個部門，列入政府機構序列。它們是：政府辦公室、計劃委員會、經濟委員會、科學技術委員會、城鄉建設環境委員會、體育運動委員會、計劃生育委員會、民政局、公安局、司法局、人事局、勞動局、財政局、稅務局、審計局、工商行政管理局、統計局、物價局、物資局、商業局、對外貿易局、機械電子工業局、第壹輕工業局、第二輕工業局、交通局、標準計量局、市政建設管理局、房產管理局、農業局、林業局、水利局、水產局、糧食局、多種經營社隊企業局、教育局、衛生局、文化局、廣播電視局、外事辦公室。不列入政府機構序列的部門15個。此後，市政府根據具體情況，對機構設置作了調整。1984年10月，將市環境保護辦公室改為環境保護局，列入市政府機構序列。同年11月，將市人民政府僑務辦公室列入市政府機構序列。 1985年3月，根據《中***中央關於經濟體制改革的決定》的精神，報省編制委員會同意，撤銷市機械電子工業局、第壹輕工業局和第二輕工業局，改建機械、電子、壹輕、二輕工業公司。同年，根據省政府規定， 將市對外貿易局劃出市政府機構序列。同年5月，建立市國家安全局，列入市政府機構序列；7月，將市檔案局列入市政府機構序列。1987年12月，建立市監察局，列入市政府機構序列。 1988年2月，將市委農村工作委員會改名市農村經濟委員會，列入市政府機構序列。至1990年底，市政府***設置序列內工作機構41個。另有不在序列的工作機構26個，它們是：市政府接待處、信訪處、民族事務處、農業區劃委員會辦公室、對外經濟貿易委員會、經濟技術協作辦公室、對外貿易局、職工教育管理委員會辦公室、經濟體制改革委員會、法律顧問處、棉花辦公室、文物管理處、人民防空委員會辦公室、地方史誌編纂委員會辦公室、農機管理服務公司、市經濟研究中心、濟寧日報社、 省出版總社濟寧分社以及8個市屬經濟組織，即：市供銷合作社、冶金煤炭工業公司、紡織工業公司、化學工業公司、第壹輕工業公司、第二輕工業公司、電子工業公司、機械工業公司；11個由中央和地方雙重領導，以中央業務主管部門領導為主的單位，即：市郵電局、電業局、氣象局、地震辦公室、濟寧進出口商品檢驗局、中國人民銀行濟寧市分行、中國工商銀行濟寧市分行、中國農業銀行濟寧市分行、中國銀行濟寧市分行、中國人民保險公司濟寧市分公司、中國人民建設銀行濟寧市分行。