生產企業以“進料加工”貿易方式進口料、件加工復出口的，對其進口料件應根據海關核工業準的《進料加工登記手冊》填具“進料加工貿易申請表”，報經主管其出口退稅的稅務機關同意蓋章後，再將此申請表送主管其征稅稅務機關，並準許其在計征加工成品的增值稅時對這部分進口料、件按規定征稅稅率計算稅額予以抵扣。貨物出口後，主管退稅務局的稅務機關在計算其退稅或抵免稅額時，也應對這部分進口料件按規定退稅率計算稅額並予扣減。
（1）實行“先征後退”辦法計算退稅的生產企業計算公式為：
當期應納稅額=當期內銷貨物的銷項稅額+當期出口貨物離岸價*外匯人民幣牌價*征稅稅率-（當期全部進項稅額+當期海關核銷免稅進口料件組成計稅價格*征稅稅率）
當期應退稅額=當期出口貨物離岸價*外匯人民幣牌價*退稅率-當期海關核銷免稅進口料件成計稅價格*退稅率
（2）實行“免、抵、退”辦法計算退稅的生產企業的計算公式為：
當期不予抵扣或退稅的稅額=當期出口貨物離岸價*外匯人民幣牌價*（征稅稅率-退稅率）-當期海關核銷免稅進口料件組成計稅價格*（征稅稅率-退稅率）
註：公式中的前壹個征稅率是指復出口貨物法定征稅率，後壹個征稅率是指進口料件法定征稅稅率。
其余抵、退稅的計算公式和具體步驟按財稅字（1995）92號文件的有親規定執行。
外貿企業以“進料加工”貿易方式進口料件並以作價加工方式將減稅進口原料，零部件轉售給其他企業加工時，就應先填具“進料加工貿易申報表”，報經主管其出口退稅的稅務機關同意簽章後再將此申報表報送主管其征稅的稅務機關，並據此在開具增值稅專用發票時可按規定稅率計算註明銷售料件的稅額。主管出口企業征稅的稅務機關對部分銷售料件的銷售發票上所註明的應交稅額不計征入庫，而由主管退稅的稅務機關在出口企業辦理出口退稅時在退稅額中扣抵。
進料加工復出口貨物按下列公式計算退稅：
出口退稅額=出口貨物的應退稅額-進口料件應抵扣稅款
進口料件應抵扣稅額=銷售進口料件金額*復出口貨物的退稅率-海關已對進口料件的實征增值稅款。
外貿企業以“進料加工”貿易方式進口料件並以委托加工方式加工出口貨物的，可憑工繳費的增值稅專用發票及專用繳款書按規定退稅率計算退稅，若進口料件海關已征進口環節增值稅的，憑《海關代征進口增值稅繳款書》原件在出口核銷後辦理稅。