企業所得稅處理的三種情形
1.總機構直屬的項目部跨區施工情形。壹般由總機構與建設方簽訂施工合同，且直接以總機構的名義組織施工。施工企業憑有效的《外出經營活動稅收管理證明》回機構所在地繳納企業所得稅。但是建築企業總機構直接管理的跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），根據國稅函[2010]156號文件規定，自2010年1月1日起，要按項目實際經營收入的0.2%按月或按季度由總機構向項目所在地預分企業所得稅，並由項目部向所在地主管稅務機關預繳。總機構扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，按照其余額就地繳納。
對於壹些手續不齊全的掛靠單位，若沒有按稅法規定的時間、程序開具《外出經營活動稅收管理證明》以及開具的證明超過稅法規定的有效期限的，或者沒有向所在地主管稅務機關提供總機構出具的證明該項目部屬於總機構或二級分支機構管理的證明文件的，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅，其工程項目所得稅由工程所在地稅務機關結合當地實際就地征收。
2.二級分支機構的異地施工情形。具體可分兩種情況處理：
屬於跨省經營的，根據國家稅務總局《關於印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）規定，按照“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅，分支機構應在項目所在地按月或按季度預繳企業所得稅。例外的情形為新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業所得稅。若總機構既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，再按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款。
屬於在同壹省內經營的，國稅發[2008]28號文件的第三十九條規定，居民企業在同壹省、自治區、直轄市和計劃單列市內跨地、市（區、縣）設立不具有法人資格營業機構、場所的，其企業所得稅征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國稅局、地稅局參照本辦法聯合制定。根據這壹規定，各省均作出相關管理規定。如浙江省地稅局、國稅局、財政廳聯合下發的《關於省內跨地區經營建築安裝企業有關所得稅管理問題的通知》（浙地稅發[2009]52號）規定，對不符合二級分支機構判定標準的非法人分支機構（如總機構直接設立的項目公司、工程部等），若同時符合以下3個條件，該分支機構在向施工地稅務機關報驗登記後，其經營所得由總機構統壹計算繳納企業所得稅，分支機構在施工地不預繳企業所得稅：
（壹）分支機構未在施工地領取非法人營業執照；
（二）分支機構持有總機構主管稅務機關開具的《外出經營活動稅收管理證明》；
（三）由總機構出具並由總機構主管稅務機關確認的該分支機構在財務、業務、人員等方面納入總機構統壹核算和管理的證明。
對三級及以下分支機構（如二級分支機構設立的項目公司、工程部等），持《外出經營活動稅收管理證明》向施工地稅務機關報驗登記，並提供由總機構出具並經總機構和二級分支機構主管稅務機關確認的該分支機構在財務、業務、人員等方面納入二級分支機構統壹核算和管理的證明後，該分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資總額和資產總額統壹計入二級分支機構。
3.分支機構直屬的項目部跨區施工情形。建築企業跨地區在二級分支機構之下設立的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），若以分支機構名義與建設方簽訂合同並組織施工，則其收入匯總計入該分支機構，適用國稅發[2008]28號文件的分級管理規定計算繳納企業所得稅。