壹是由於分攤價格或耗用量等原因，導致建築業企業向實際使用單位收取的水費大於向自來水公司交納的水費。這種情況下，建築業企業本身不承擔水費成本，屬於單純的轉售自來水業務，以向實際使用單位收取的自來水水費，扣除其對外支付的自來水水費後的余額為銷售額，按照簡易計稅辦法依3%的征收率計算繳納增值稅。所收取的分包方等實際使用單位耗用的水費，可按3%的征收率向其全額開具增值稅發票。建築業企業提供建築服務未耗用水費，自然也不存在進項稅額抵扣問題。
二是建築業企業向實際使用單位收取的水費小於向自來水公司交納的水費，相當於建築業企業本身也耗用了部分水費。這種情況下，建築業企業對轉售部分相當於是等額收付，應納稅額為零，自用部分的進項稅額需依用途分不同情況處理，用於壹般計稅方法計稅項目的，可自銷項稅額中抵扣進項稅額，用於簡易計稅方法計稅項目的，應做進項稅額轉出，計入相應成本。
根據《增值稅暫行條例》第二條規定，納稅人銷售或者進口自來水稅率為13%。根據財政、部國家稅務總局《關於部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》(財稅[2009]9號)第二條第(三)項規定，壹般納稅人銷售自產自來水，可選擇按照簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅。該文件第三條規定，對屬於壹般納稅人的自來水公司銷售自來水按簡易辦法依照6%征收率征收增值稅，不得抵扣其購進自來水取得增值稅扣稅憑證上註明的增值稅稅款。因此，按簡易辦法征收僅適用於自來水公司銷售的自產自來水，而企業轉售自來水，不適用簡易辦法，應當按照13%的增值稅稅率開具增值稅專用發票，並且可以抵扣進項稅額。
所以，應適用13%的增值稅稅率。