以前有些施工企業只接工程不做，層層轉包，層層分割。營改增將迫使企業取得進項增值稅專用發票，層層轉包的模式難以為繼。
2.企業很難控制成本。
全面營改增後，建築業稅率由3%營業稅提高到11%增值稅(小規模納稅人可選擇簡易計稅方法征收3%增值稅)。四大行業中稅率漲幅最大。雖然計稅基礎由營業額變為增值額(即銷項稅減去進項稅)，產生了大量的抵扣，但對企業控制稅收成本仍構成巨大挑戰。
3.使得施工企業的投標工作變得復雜。
例如，標書編制中的原材料和燃料的直接費用不包括增值稅進項稅。在實際施工中，很難準確預測為取得增值稅進項稅而編制標書的成本和費用。建設單位招標預算的編制將發生重大變化，相應的設計預算和施工圖預算也應按新標準進行編制，對外發布的公開招標文件內容也應進行相應調整。
4、造成企業資產負債率上升。
由於施工企業購入的原材料、輔助材料和機器設備等固定資產的庫存成本需要根據取得的增值稅發票抵扣進項稅額，企業總資產較營改增前會有壹定程度的下降，導致資產負債率上升。
5.稅改對合資合作項目影響很大。
在施工企業內部，合資合作項目普遍存在，合資合作方大多不是合法正規企業，部分合作方是自然人，沒有健全的會計制度，工程成本核算形同虛設，外購材料、分包工程、租賃機械設備設施基本沒有正規稅務發票，沒有索要發票的意識。
但在增值稅下，應納稅額是當期銷項稅額扣除當期進項稅額後的余額。如果合資項目在采購、租賃、分包等環節不能取得足夠的增值稅專用發票，那麽增值稅進項稅就很少，可抵扣的稅款就少，導致實際稅負較大。
人民網-營改增“收官”:四大行業影響力幾何