1、公司支付超過1000元的貨款時，須使用非現金支付方式；
2、企業應保留銀行支付憑證，作為財務入賬的依據；
3、對於支付給未在銀行開戶的個體工商戶，應提供相關文件，並經銀行審批。
稅款支付方式的變化：
1、隨著電子商務和網絡技術的發展，稅務機關推廣電子支付方式，包括網上銀行、移動支付等多種便捷的電子支付手段；
2、為了提高財務管理的透明度和效率，減少現金流通可能帶來的風險，稅務機關鼓勵使用非現金支付方式繳納稅款；
3、非現金支付方式有助於稅務機關對稅款流向進行實時監控和管理，提高稅收征管的精確度和反洗錢能力；
4、對於納稅人而言，使用非現金支付方式可以減少攜帶大量現金的不便和安全風險，同時也便於保留支付憑證，簡化報稅流程。
綜上所述，公司在支付超過1000元的貨款時必須采用非現金支付方式，並需保留銀行支付憑證以作財務入賬依據，若支付對象為未在銀行開戶的個體工商戶，則需提交相關文件並通過銀行審批。
法律依據：
《增值稅專用發票使用規定》
第八條
壹般納稅人有下列情形之壹的，不得領購開具專用發票：
（壹）會計核算不健全，不能向稅務機關準確提供增值稅銷項稅額、進項稅額、應納稅額數據及其他有關增值稅稅務資料的。上列其他有關增值稅稅務資料的內容，由省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局確定。
（二）有《稅收征管法》規定的稅收違法行為，拒不接受稅務機關處理的。
（三）有下列行為之壹，經稅務機關責令限期改正而仍未改正的：
1、虛開增值稅專用發票；
2、私自印制專用發票；
3、向稅務機關以外的單位和個人買取專用發票；
4、借用他人專用發票；
5、未按本規定第十壹條開具專用發票；
6、未按規定保管專用發票和專用設備；
7、未按規定申請辦理防偽稅控系統變更發行；
8、未按規定接受稅務機關檢查。
有上列情形的，如已領購專用發票，主管稅務機關應暫扣其結存的專用發票和IC卡。