實行“免、抵、退”辦法的生產企業，應先根據海關批準的《進口加工登記手冊》填寫《生產企業進口加工貿易免稅證明》，然後將此申請表報送主管出口退稅的稅務機關，允許其在計算當期應納稅額時，按照規定的稅率和退稅率差額，扣除當期出口貨物未免、抵、退的稅額。出口企業申請開具《生產企業原材料加工貿易免稅證明》有兩種方式:壹種是采購計算方式；二是實際消耗計算方法。
(1)采購計算方式
采購計算法是指從事進口加工的生產企業將進口報關單的進口金額折算為進口料件的計稅價格，乘以轉口貨物的稅率與退稅率的差額，在計算當期稅額時，從出口貨物未免抵退稅額中扣除的進口加工稅管理方法；
(2)實際消耗量計算方法
實際消耗計算方法，是指從事飼料加工的生產企業在進口料件申報入庫後，根據批準出口貨物的數量和金額以及《飼料加工登記手冊》規定的出口數量和金額，計算海關當期核銷的進口料件計稅價格， 並乘以再出口貨物的稅率與退稅率的差額，在計算當期應納稅額時，從當期出口貨物未免、抵、退稅的稅額中扣除。
采購計算方式操作簡單，減少了出口企業的資金占用，但不便於監管。采用這種方式的，出口退稅管理部門應進行專賬登記，銷退期後未辦理本手冊核銷手續的，應及時核對，並根據情況補稅、補罰。實際消耗量的計算方法有利於監管，但計算和操作復雜。由於當期出口貨物未免抵退稅的稅額不能及時抵扣，相對占用了出口企業的資金。
在計算應納稅額時，如果不允許當期免稅，且抵扣稅額小於零，則按零計算。即:當期出口貨物離岸價×人民幣外匯報價
不得免稅、扣稅=當期出口貨物離岸價格×外匯人民幣報價×(出口貨物稅率×出口貨物退稅率)×不得免稅、扣稅。
不能免抵的稅收抵免=免稅采購的原材料價格×(出口貨物稅率-出口貨物退稅率)。
上述稅率、退稅率是指轉口貨物的稅率、退稅率。當期免退稅額=當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×免退稅額。
減免稅額=免稅采購原材料價格×出口貨物退稅率
原料免稅采購包括國內采購的免稅原料和免稅進口的飼料加工料件。其中，國內采購免稅原料是指簽發飼料加工免稅證明所涉及的符合國家政策要求的國內采購原料，飼料加工免稅進口料件的價格為計稅價格。
進料加工免稅進口料件組成計稅價值=貨物到岸價實際關稅實際海關消費稅(1)當本期期末剩余稅額小於等於本期免退稅額時:
本期退稅額=本期期末免稅額
本期免稅=本期免稅和退稅金額-本期退稅金額
(2)本期期末免稅額>本期免退稅時，
本期退稅額=本期免退稅額
當前免稅額=0
下期結轉抵扣的進項稅額=本期期末留稅額-本期退稅額。
“本期期末留抵稅額”是指本期增值稅納稅申報表中“免抵退稅商品”和“期末留抵稅額”的合計數。“免退稅貨物的退稅金額”應理解為當期免退稅貨物的退稅金額。
生產企業開展進料加工業務，應按規定先持外貿主管部門的批準文件，送主管出口退稅的稅務機關審核簽字。各市主管出口退稅的稅務機關應嚴格審核簽章，逐筆建立臺賬登記，並留存復印件備查。經外貿部門批準，並加蓋主管出口退稅的稅務機關印章，海關方可辦理進口料件登記手冊。