跨區不動產租賃預交增值稅操作，
在電子稅務局裏面填寫，跨區稅源申報表，選擇異地出租預繳增值稅申報表，根據租金填寫申報表，保存提交申報，然後扣款。
（壹）壹般納稅人：
（1）壹般納稅人出租其2016年4月30日前取得的不動產，不動產所在地與機構所在地不在同壹縣（市、區）的，納稅人應向不動產所在地主管國稅機關預繳稅款，向機構所在地主管國稅機關申報納稅。不動產所在地與機構所在地在同壹縣（市、區）的，納稅人向機構所在地主管國稅機關申報納稅。
應預繳稅款計算公式：
應預繳稅款＝含稅銷售額÷（1+5%）×5%；
（2）壹般納稅人出租其2016年5月1日後取得的不動產，不動產所在地與機構所在地不在同壹縣（市、區）的，納稅人應按照3％的預征率向不動產所在地主管國稅機關預繳稅款，向機構所在地主管國稅機關申報納稅。不動產所在地與機構所在地在同壹縣（市、區）的，納稅人應向機構所在地主管國稅機關申報納稅。
應預繳稅款計算公式：
應預繳稅款＝含稅銷售額÷（1+11%）×3%
壹般納稅人出租其2016年4月30日前取得的不動產適用壹般計稅方法計稅的，按照上述規定執行。
（二）小規模納稅人：
（1）單位和個體工商戶出租不動產，不動產所在地與機構所在地不在同壹縣（市、區）的，納稅人應向不動產所在地主管國稅機關預繳稅款，向機構所在地主管國稅機關申報納稅。不動產所在地與機構所在地在同壹縣（市、區）的，納稅人應向機構所在地主管國稅機關申報納稅。
除個體工商戶出租住房外，應預繳稅款計算公式：
應預繳稅款＝含稅銷售額÷（1+5%）×5%；
個體工商戶出租住房，應預繳稅款計算公式：
應預繳稅款＝含稅銷售額÷（1+5%）×1.5%；
（2）其他個人出租不動產，向不動產所在地主管地稅機關申報納稅。