第二條居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格的營業機構、場所（以下稱分支機構）的，該居民企業為匯總納稅企業（以下稱企業），除另有規定外，適用本辦法。
第三條企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
第四條統壹計算，是指企業總機構統壹計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
第五條分級管理，是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
第六條就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
第七條匯總清算，是指在年度終了後，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統壹計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款後，多退少補稅款。
第八條財政調庫，是指財政部定期將繳入中央國庫的跨地區總分機構企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方金庫。
第九條總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業所得稅。
第二章 稅款預繳和匯算清繳
第十八條企業應根據當期實際利潤額，按照本辦法規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構分月或者分季就地預繳。
第二十二條總機構在年度終了後5個月內，應依照法律、法規和其他有關規定進行匯總納稅企業的所得稅年度匯算清繳。各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳。
根據上述文件規定，該公司在外省市的房地產分公司，應該由總公司按照國稅發[2008]28號文件規定方法來計算分別的預繳額，然後分公司在所在就地預繳，年度終了後，由總公司進行匯算清繳。